總結(jié) 準(zhǔn)備工作： 設(shè)置工作目錄，用pymol去除水分子，分離蛋白和小分子，得到各自的pdb文件。 （如果是預(yù)測(cè)得到的蛋白pdb，那就直接拿來(lái)用咯...
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理解autodock分子對(duì)接思路和流程
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分子對(duì)接中確定大分子的活性位點(diǎn)的參考思路
分子對(duì)接中，要確定大分子的活性位點(diǎn)，如果不知道活性位點(diǎn)可以用blind docking，但此方法在一般情況下可靠性比較低。 那么除blind d...
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蛋白質(zhì)的可視化，預(yù)測(cè)模擬和分子互作（一）
先來(lái)一張圖，總結(jié)一下 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)描述 基因序列->氨基酸->組合表達(dá)成結(jié)構(gòu)->氨基酸脫水縮合形成肽鏈，肽鏈折疊形成三級(jí)結(jié)構(gòu)以后才能發(fā)揮作用。 ...
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Autodock分子對(duì)接完結(jié)&總結(jié)1.Grid （1） 打開(kāi)蛋白，“Grid->Macromocule->Open”，打開(kāi)“r.pdbqt”。彈出的對(duì)話(huà)框，點(diǎn)擊Yes及確定 （2...
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10分鐘獲得小分子三級(jí)結(jié)構(gòu)(.pdb)開(kāi)心，打開(kāi)公眾號(hào)后臺(tái)竟然有700粉絲咯，感謝大家的關(guān)注和分享，公眾號(hào)日更永不斷~~~ 獲得本文所需軟件：在生信星球公眾號(hào)(文末有二維碼)后臺(tái)回復(fù)...
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