本節(jié)概覽1. WGCNA基本概念：定義、關(guān)鍵術(shù)語(yǔ)、基本流程、一些注意事項(xiàng)2. WGCNA運(yùn)行：?輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備①判斷數(shù)據(jù)質(zhì)量，繪制樣品的系統(tǒng)聚類樹(shù)...
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RNA-seq入門(mén)實(shí)戰(zhàn)（十一）：WGCNA加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析——關(guān)聯(lián)基因模塊與表型 -
STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因?yàn)闃颖緮?shù)量比較可觀，所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來(lái)做WGCNA分析，挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合，或...
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KEGG分析工具：pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因功能、基因組信息數(shù)據(jù)庫(kù)，...
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基因家族鑒定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章將介紹 ①類blast軟件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比較 ②blast、mmseqs、diamond、hmme...
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基因功能注釋根據(jù)已有的蛋白庫(kù)，對(duì)從基因組上提取到的蛋白序列進(jìn)行比對(duì)，從而獲得相應(yīng)的信息。 常用的數(shù)據(jù)庫(kù)： Nr：NCBI官方非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)，包括PDB, ...
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如何從NCBI中獲得16S rRNA序列NCBI收集了16S ribosomal RNA sequence，可以進(jìn)行下載：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db...
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測(cè)序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計(jì) | reads,coverage,depth
00 寫(xiě)在前面 測(cè)序后公司交付數(shù)據(jù)時(shí)，一般會(huì)提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果。因?yàn)榭赡苄枰约簛?lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理，記得一定要...
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這或許是我寫(xiě)的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tbl...
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fasta/fq文件處理萬(wàn)能工具——Seqkit學(xué)習(xí)記錄
shenwei爪哥開(kāi)發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬(wàn)能工具。之前處理fq/fa文件時(shí)花時(shí)間寫(xiě)的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就...
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UpSetR：集合可視化神包對(duì)于集合的可視化，第一時(shí)間想到的都是韋恩圖（venn diagram），一般集合不超過(guò)5個(gè)的時(shí)候，可視化效果還是不錯(cuò)的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加，比如...
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