今天想記錄一個(gè)bug，先前的項(xiàng)目從來(lái)沒(méi)出問(wèn)題的，這次突然好幾個(gè)項(xiàng)目都卡在了這一步。

這是GATK中的一步，報(bào)錯(cuò)信息如下：

運(yùn)行的命令是：

java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log 

解決的辦法是：添加了一個(gè)參數(shù)--filter_bases_not_stored
命令改為

java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log --filter_bases_not_stored

就可以了。

原因我也不太清楚，先前一直沒(méi)有問(wèn)題，而且有的能跑出結(jié)果，有的就報(bào)錯(cuò)?？赡茏罱谡{(diào)試GATK4 ，導(dǎo)致軟件的各種版本，很亂