作者，Evil Genius
10X HD的文章，這是第一篇實驗類的文章，還是華中科技大學(xué)發(fā)表的，相當(dāng)厲害。應(yīng)該是在烈冰做的。
人生得意須盡歡，莫使金樽空對月。
從目前來看，做華大Stereo-seq、HD這種高精度平臺，分析策略二選一，要么做細胞分割，要么單細胞空間聯(lián)合。
基質(zhì)細胞和免疫細胞之間復(fù)雜的相互作用在各種生物和病理過程中起著至關(guān)重要的作用。在慢性鼻竇炎伴鼻息肉（CRSwNP）中，許多患者的上呼吸道炎癥是由TH2、ILC2和嗜酸性粒細胞驅(qū)動的，因此需要糖皮質(zhì)激素和抗2型炎癥生物制劑治療。對這些療法的耐藥性通常與中性粒細胞炎癥有關(guān)，這在CRSwNP中也被廣泛發(fā)現(xiàn)，但潛在的機制尚不清楚。通過單細胞分析、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)和T細胞受體測序，我們發(fā)現(xiàn)顆粒酶K+ (GZMK+) CD8+ T細胞在NPs中的存在增加，其具有不同于細胞毒性GZMB+效應(yīng)CD8+ T亞群的表型。
知識積累
慢性鼻竇炎伴鼻息肉（CRSwNP）是一種多因素和異質(zhì)性疾病，其特征是鼻腔黏膜慢性炎癥，導(dǎo)致鼻息肉（NP）的形成。生物制劑的發(fā)現(xiàn)，耐藥現(xiàn)象的產(chǎn)生。
整合了scRNA-seq，單細胞T細胞受體測序（scTCR-seq）和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（ST）來分析CD45+淋巴細胞的轉(zhuǎn)錄組，特別關(guān)注CD8+ T細胞及其在CRSwNP鼻黏膜中的空間相互作用。
分析一、對照組和CRSwNP患者的免疫細胞組成不同
免疫細胞的定義，CD4+ T （CD3D、CD3E、CD8A和CD8B）、CD8+ T （CD3D、CD3E、CD8A和CD8B）、γδT （TRDV2和TRGV9）、自然殺傷（NK）細胞（TYROBP、FCGR3A和NKG7）、B細胞（CD79A和MS4A1）、ILC2s （IL7R、GATA3和PTGDR2）和骨髓細胞（CD14、CD68和TPSAB1）。
分析二、具有獨特轉(zhuǎn)錄程序的GZMK+CD8+ T細胞在鼻息肉中與對照組織相比增加
CD8+ T再分群。
分析三、GZMK+CD8+ T細胞是NPs中GZMK的主要細胞來源
分析四、NPs中GZMK+CD8+ T細胞與成纖維細胞間的串?dāng)_
10X Visium分析
Squidpy鄰域富集分析
點內(nèi)和點間都表明這兩種細胞類型在空間上接近，而其他點則表明兩種細胞類型之間存在明顯的物理接近。
10X HD數(shù)據(jù)分析（16 × 16 μm bin分析），采用的是單細胞空間聯(lián)合分析的策略（RCTD）。
通過Squidpy對Visium HD數(shù)據(jù)進行鄰域富集分析
于Visium HD數(shù)據(jù)的配體受體分析揭示了GZMK+ CD8+ T細胞與成纖維細胞之間通過CXCR4-CXCL12軸的細胞通訊。
分析五、GZMK+CD8+ T細胞促進成纖維細胞的促炎表型，并與NPs中的中性粒細胞炎癥有關(guān)
空間距離分析
分析六、CD8+ T細胞的克隆關(guān)系及發(fā)育軌跡
scTCR-seq
分析七、慢性炎癥中GZMK+CD8+ T細胞的擴增以及通過CXCR4-CXCL12軸與成纖維細胞的相互作用
看看核心方法
抗原表位預(yù)測
visium數(shù)據(jù)的鄰域富集分析
visium HD數(shù)據(jù)分析
