劉秀領導昆陽大捷的同時，攻克宛城的劉縯因為功勞太大，引起了更始帝劉玄嫉妒，慘遭劉玄殺害。得知噩耗的劉秀，心如刀割，有心為哥哥報仇?？蓜⑿阒来丝痰淖约哼h不是劉玄的對手，因此他決定韜光養(yǎng)晦。劉秀不以昆陽大捷居功，也不敢為哥哥服喪，言談舉止還和平常一樣。更始帝劉玄因此覺得慚愧，拜劉秀為破虜大將軍，封武信侯。

九月初三，京師被義軍攻破，皇帝王莽被殺，頭顱被送到宛城。劉玄打算北上，建都洛陽，便讓劉秀代理司隸校尉，要他前往整理修繕宮殿官府。劉秀于是設置下屬官吏，起草公文，以從事史察舉非法，一切照漢代舊有制度辦事，從此有見識的人都歸心于劉秀了。及至更始帝到了洛陽，便任劉秀為破虜將軍代行大司馬的職務。

十月，劉秀拿著更始帝所授符節(jié)渡黃河北上，安定撫慰州郡官民。所到郡縣，就會見郡守、長吏、三老、官屬，下至佐史，考察升降事宜，好像州牧巡視郡國辦事一樣。平反錯案，遣放囚犯，除掉王莽時的苛政，恢復漢室官名，官民喜悅，爭以牛酒迎接慰勞，進一步提升了劉秀的群眾基礎。

更始二年(24)正月，劉秀因為王郎新起勢盛，便北上巡視薊地。已故廣陽王劉嘉的兒子劉接，起兵薊中以策應王郎。劉秀見情勢危機，急忙駕車南奔，早晨夜晚都不敢進城，就在道旁食宿。日夜兼程，趕到信都郡，收服了太守任光。

隨后，劉秀征發(fā)周圍各縣兵馬四千人，攻打并收服了堂陽、貰縣。繼續(xù)往北攻下曲陽，部眾漸漸地集聚達到數(shù)萬人。他又北擊中山，克盧奴，所到之處，發(fā)送檄文到邊境各部，要他們一同攻打邯鄲。南向攻克新市、真定、元氏、防子，于是進入趙地境界。正好上谷太守耿況、漁陽太守彭寵，各派自己的將領吳漢、寇恂等率領突騎幫助攻打王郎，更始也派尚書仆射謝躬討伐王郎，劉秀乘機大設酒宴慰勞將士，東進包圍巨鹿。王郎守將王饒堅守，一個多月沒攻下。王郎派將領倪宏、劉奉領數(shù)萬人援救巨鹿，劉秀迎戰(zhàn)于南欒，殺數(shù)千人。

四月，光武進軍圍攻邯鄲，連戰(zhàn)連捷。五月攻克邯鄲，殺王郎。在繳獲的文書中，劉秀發(fā)現(xiàn)幾千封部下和王郎勾結毀謗自己的書信。劉秀召集眾將當面一把火燒掉，說：“讓那些睡不著覺的人安下心來吧”。從此，眾將更加死心塌地地為他效力。

更始封劉秀為蕭王，召他回去，實際上想剝奪他的兵權。劉秀托辭河北未定不接受征召，從此和劉玄君臣離心，正式割裂。