寫在前面
前述，我已提及，元旦假期我做了一個有趣的事情。亦即，為 TBtools 量身打造了一個跨平臺的 Rsever 插件（windows 和 MacOS）用戶均可使用。經(jīng)過了系列測試，目前已經(jīng)對外釋放。插件本身無實際作用，但卻可以使得任何人都可以在這個插件的基礎(chǔ)上，快速打造屬于自己的 TBtools R plugin ！同時還可以分享給課題組的朋友，分享給所有 TBtools 用戶。
為了讓這個過程看起來更為簡單，我決定寫一個示例教程，并期望這個教程能激發(fā)所有人的想法，一起來拆除而不僅僅是降低生物信息數(shù)據(jù)分析門檻！。
自制插件示例效果
制作插件的門檻極其低，你需要的幾乎只有一個東西，即一個 R 腳本。大體效果如下
1. 準(zhǔn)備一個 R 腳本
我們要分發(fā)的是 TBtools R Plugin，對 R 腳本的要求很簡單，此處給出一個標(biāo)準(zhǔn)示例。
argv <- commandArgs(TRUE) # 此行必須
expfile <- argv[1] # 參數(shù) 1
title <- argv[2] # 參數(shù) 2
logTran <- argv[3] # 參數(shù) 3
colorSet <- argv[4] # 參數(shù) 4
## 所有依賴包應(yīng)當(dāng)檢測并安裝
if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')
if (!require('reshape2')) install.packages('reshape2', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')
## 加載 - 剩余部分與所有普通 R 腳本無異
library(ggplot2)
library(reshape2)
expfile
expMat<-read.table(expfile,header = T,sep="\t")
head(expMat)
expMat<-melt(expMat)
if(logTran=="true") expMat$value<-log(expMat$value+1)
p<-ggplot(expMat)
p+geom_density(aes(x=value,fill=variable),alpha=I(1/4))+
labs(title=title)+
scale_fill_brewer(palette=colorSet)
此處暫時無需擔(dān)心輸出文件路徑云云
2. 復(fù)制一份 RguiPluginMaker.jar
這個文件是通用的，直接從 Demo Plugin 中獲取即可。
3. 配置 GUI 界面
可以看出，非常簡單，大體如下：
- 等于號“=”用作分隔符
-
App對應(yīng)的功能的名字，插件作者隨意定，最好是外文和數(shù)字 -
Script對應(yīng)的是插件目錄下的 R 腳本（即上述腳本）名字，注意大小寫 -
Icon，此項是可選項，插件作者可以放上自己的二維碼，更或者直接使用自己的文本名字，TBtools 會自動識別
剩余的內(nèi)容為不同的參數(shù)類型，大體如下:
-
File對應(yīng)的是輸入文件，Set a Tab-delimited Table對應(yīng)的是最終界面上的提示，TBtools會自動生成一個輸入文件框，用戶可以直接輸入一個文件，后者黏貼文本 -
Text讓用戶輸入一些文本，其實也可以是數(shù)字等等，對應(yīng)的Plot Title:是提示信息，而R-ggplot2 BarPlot是默認信息 -
CheckBox，有時候我們需要用戶選擇，Yes或No，比如是否取log。那么可以用這個類型。注意 R 腳本中要做下解析。 -
Choice，當(dāng)然，更多時候，是要提供給用戶一些可選項。
在這個配置文件下，我們就可以直接對應(yīng)到界面
注意，每種輸入類型可以重復(fù)，比如有兩個輸入文件，那么就可以File云云。TBtools 強制存在工作目錄。這是要求插件的最終用戶設(shè)置的內(nèi)容。建議插件作者注意到這個工作目錄，因為存在這個工作目錄，那么我們保存文件可以直接使用文件名，無需給任何路徑。比如腳本中，我們簡單的用pdf("out.pdf")就可以，而具體存放位置，用戶自行決定位置。
具體插件制作過程
首先，獲取 Demo.zip 插件文件，可以從 TBtools 使用交流群群共享下載。
解壓該文件到當(dāng)前目錄，進入該目錄并修改其中信息，如：
- 修改R腳本，或替換
- 替換icon，或者刪除icon等
- 對應(yīng)的，修改
config.txt文件
...
隨后，將整個目錄壓縮為zip格式。注意，壓縮時要壓縮目錄，而不是直接壓縮所有文件。如
最后，為了避免插件用戶不小心解壓插件，隨后錯誤安裝插件。直接修改文件后綴名，從.zip變成.plugin。當(dāng)然，如果你懶得管，那么你也可以不修改。
如此，你的插件已經(jīng)制作完成
分發(fā)與插件使用
插件可以分發(fā)給課題組的人使用，給所有TBtools用戶使用，也可以自己使用。具體只需要通過 TBtools -> Other -> Plugin -> Install Plugin ，彈出對話框，拖拽放置或選擇制備好的插件即可。不了解這一過程的朋友，建議翻翻 生信札記 公眾號 歷史推文...
一些想法
正如前述推文《重磅更新！Rserver 插件 for TBtools》中提及，Rserver 插件的基本完成，我想做的事情都做了，剩下的還是看大伙的。
上述提及的Icon，以及圖片或文本的設(shè)置選項，我是今天臨時想到的。其實原因很簡單。我們樂于分享，但每個人的勞動都應(yīng)該得到尊重。
增加了Icon的界面化參數(shù)，那么每一位插件作者，可以將自己的二維碼放上去，公眾號的，或者其他的。更或者放上自己的名字？單位？甚至，如果是公司的朋友，可以直接放上公司的Logo，更或者主頁鏈接云云。當(dāng)然，放上插件作者的贊賞二維碼是我最為推薦的。
甚至，我個人也不反對，大伙自己制作插件，自己有償分發(fā)！
歡迎任何人貢獻 TBtools R Plugin 并聯(lián)系我，我個人會輔助在生信札記公眾號上宣傳這個插件....
寫在后面
或許從幼兒園開始，我就只喜歡做一件事情。Make Something。創(chuàng)造，是一件讓人快樂的事情。期望，大伙一起來享受這個過程。讓更多人不再受生信數(shù)據(jù)分析困擾。
