Seqkit是一款專門處理fsata/q序列文件的軟件。

github地址:

https://github.com/shenwei356/seqkit

下載地址：

https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/

選擇適合自己的版本

tar -zxvf seqkit_linux_amd64.tar.gz，解壓后只有一個(gè)seqkit程序。

發(fā)現(xiàn)有很多的功能，多到自己曾經(jīng)遇到過的所有的序列處理問題(相見恨晚)，從序列查看到提取序列、拆分、處理、排序等等，實(shí)在是序列處理居家必備良藥，思緒兩秒鐘，加入自己環(huán)境變量。

這次檢索到這個(gè)工具，的因?yàn)橄朐u(píng)估一下我用Hifiasm組裝出來的序列堿基數(shù)，剩下的功能幾乎涉及了我能想到的所有的序列處理工作，在CSDN社區(qū)中，作者“生信寶典”幾乎闡述了所有的功能(Ref1)，時(shí)間原因，我就不探索了。

seqkit stat 統(tǒng)計(jì)序列信息

$ seqkit stats *.f{a,q}.gz #統(tǒng)計(jì)序列信息

$ seqkit stats *.f{a,q}.gz -T #用tab分割

$ seqkit stats *.f{a,q}.gz -a # 統(tǒng)計(jì)更多信息

$ seqkit stats -j 10 refseq/virual/*.fna.gz #多文件統(tǒng)計(jì)（ -j：使用多線程）

補(bǔ)充37個(gè)工具:

上圖參考生信寶典的帖子。

Ref1：

https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/115535361

Ref2： http://m.itdecent.cn/p/471283080bd6?utm_campaign=hugo

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