2022-06-30 RNA Velocity 分析之scVelo

這篇文章主要介紹做RNA Velocity需要怎么做,至于原理請參考原文章

在做RNA速率之前需要先準備loom文件,換句話說就是要完成RNA速率分析需要兩步:(兩個軟件 velocytoscVelo

直接上代碼,① 第一步執(zhí)行
velocyto run10x -m repeat_msk.gtf mypath/sample01 somepath/refdata-cellranger-mm10-1.2.0/genes/genes.gtf
其中 repeat_msk.gtf 去這里下載
genes.gtf是基因組注釋文件。去10X官網上下載也行。你當時跑cellRanger肯定會在官網下載一個參考基因組的文件(人類的大概是10G的一個文件,大概叫這個名字 refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0.tar.gz),這個文件就在你當時下載的文件的reference目錄下的gene文件夾下
然后就會生成一個velocoty的文件夾,要用的loom文件就在這里面

②這一步就跟著這里做就好了

?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯系作者
【社區(qū)內容提示】社區(qū)部分內容疑似由AI輔助生成,瀏覽時請結合常識與多方信息審慎甄別。
平臺聲明:文章內容(如有圖片或視頻亦包括在內)由作者上傳并發(fā)布,文章內容僅代表作者本人觀點,簡書系信息發(fā)布平臺,僅提供信息存儲服務。

相關閱讀更多精彩內容

友情鏈接更多精彩內容