這篇文章主要介紹做RNA Velocity需要怎么做,至于原理請參考原文章
在做RNA速率之前需要先準備loom文件,換句話說就是要完成RNA速率分析需要兩步:(兩個軟件 velocyto和scVelo)
直接上代碼,① 第一步執(zhí)行
velocyto run10x -m repeat_msk.gtf mypath/sample01 somepath/refdata-cellranger-mm10-1.2.0/genes/genes.gtf
其中 repeat_msk.gtf 去這里下載
genes.gtf是基因組注釋文件。去10X官網上下載也行。你當時跑cellRanger肯定會在官網下載一個參考基因組的文件(人類的大概是10G的一個文件,大概叫這個名字 refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0.tar.gz),這個文件就在你當時下載的文件的reference目錄下的gene文件夾下
然后就會生成一個velocoty的文件夾,要用的loom文件就在這里面
②這一步就跟著這里做就好了