記錄10x Visium HD 空轉數據的定量過程，使用工具是10x官方發(fā)布的spaceranger軟件
原理見官網，這里只記錄操作層面的流程
數據準備：
fq文件
1749544342867.png
組織圖像信息
組織切片的圖像文件（TIFF格式），我這里用的是普通的明場HE圖像，熒光圖像也行
CytAssist捕獲的圖像（TIFF格式），看起來和上面的組織切片基本一樣，但是多了一個“邊框”，文件名多為CAVG開頭
軟件準備：spaceranger下載
wget -O spaceranger-3.1.3.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/spatial-exp/spaceranger-3.1.3.tar.gz?Expires=1749583889&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA&Signature=eNqaXiP1tuS1Qa0dYe8afLzrMVTWtsyaOIihhhNfA6jXaXx69-4g89IwiU55dC8qZfO9e~l27yU4IGAXetjO7KK~Auc42FeKT2sUJBs4HpyJct9KpnGTZISWISkmF7bP5M2VOpF1Wx065NYduFWvuozLQQoVvtg6BhlC53gqURgjKjUB59GbbFxiQl1kTa5vkjTBRaT6sDMpxRPba4B9QP7jkVh-m-xyVuBIprJwV69y5onAs89aGAnYsq3HaRtUHFPa2AYQ-oitB2OIDqLaXpvjF~aSV4JrGp5pzOHhH92HHAIWAWl6XLRvt31IYyW9LdQvHcSb7sUMAtEsC6QMsg__"
wget "https://cf.10xgenomics.com/supp/spatial-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz"
export PATH=~/biosoft/spaceranger-3.1.3:$PATH
進入Software Overview - 10x Genomics網站，Space Ranger，下載合適的版本
參考基因組準備
人類hg38：
wget "https://cf.10xgenomics.com/supp/spatial-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz"
Download Space Ranger - 10x Genomics
probe-set準備
根據自己的測序選擇，人類數據比較多的是這個：
wget "https://cf.10xgenomics.com/supp/spatial-exp/probeset/Visium_Human_Transcriptome_Probe_Set_v2.0_GRCh38-2020-A.csv"
Download Space Ranger - 10x Genomics
運行spaceranger
上述步驟準備好之后,可以運行spaceranger進行定量
1749546390428.png
slide和area分別如圖，從CytAssist圖像的文件名中可以獲得
spaceranger count --id sample_id \ ##輸出文件的名字
--sample sample_id \ ##為fq文件"_S1"之前的字段
--transcriptome /Database/hg38/refdata-gex-GRCh38-2020-A \ ##上面下載好的ref
--fastqs fastq_folder \ ##fq文件所在的文件夾
--slidefile H1-xxxxxx.vlf \ ##見下方描述，為官網下載的vlf文件，在無法聯網的時候需要下載該文件，能聯網的時候不用指定
--slide H1-xxxxxx \ ##組織切片的標識符，多用于匹配空間Barcode數據
--area A1 \ ####組織切片的區(qū)域標識符
--probe-set /Database/Visium_Human_Transcriptome_Probe_Set_v2.0_GRCh38-2020-A.csv \ ##probe-set文件
--cytaimage CAVGxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx.tif \ ##CytAssist圖像的路徑
--image sample.tif \ ###組織切片的tif格式文件路徑
--create-bam true \ ##后續(xù)的高階分析可能用到bam文件
--localcores 16 ##線程數
我們用的是集群，有些節(jié)點無法聯網，如果不指定--slidefile參數，只有--slide和--area會一直報錯
1749545934265.png
--slidefile這里用到的文件需要提前下載，用slide號在10x官網下載，為vlf格式
1749545997777.png
完結
