可能會用到的R語言包~5

1 ggpmisc

添加回歸曲線

2 ComplexUpset

維恩圖

3 colorfindr

提取圖片中的配色

4 flextable

統(tǒng)計模型快速出表格 參考微信公眾號文章《秒速收藏!一行代碼出簡潔又美麗的回歸表格~》
https://davidgohel.github.io/flextable/index.html

5 matrixStats

醫(yī)學統(tǒng)計與R語言:matrixStats軟件包—對行列統(tǒng)計

6 rio

讀取excel數(shù)據(jù),導出excel數(shù)據(jù) 公眾號推文 《R讀取excel文件的最佳方式》

7 furrr

多線程運算R包

8 ggnetwork

網絡圖
https://cran.r-project.org/web/packages/ggnetwork/vignettes/ggnetwork.html

9 SNPfiltR

處理vcf文件中的snp數(shù)據(jù)
https://cran.r-project.org/web/packages/SNPfiltR/vignettes/reproducible-vignette.html

10 fastqcr

檢查測序文件的質量 https://github.com/kassambara/fastqcr

11 learnr

https://pkgs.rstudio.com/learnr/index.html 交互式學習R

12 lindia

github主頁 https://github.com/yeukyul/lindia

13 tayloRswift

ggplot2配色包 用到的顏色是泰勒斯威夫特專輯的封面配色 https://github.com/asteves/tayloRswift

14 ggside

https://cran.r-project.org/web/packages/ggside/vignettes/ggside_basic_usage.html
在圖邊上加圖

15 eulerr

按照實際比例話韋恩圖 https://cran.r-project.org/web/packages/eulerr/vignettes/introduction.html

16 janitor

Simple Tools for Examining and Cleaning Dirty Data 這里有一個函數(shù)是clean_name()用來修改列名中的特殊字符

17 postcards

Create Beautiful, Simple Personal Websites

18、ggside

在ggplot2作圖的邊上繼續(xù)添加圖片

19、sjmisc

這個包里有一個函數(shù)rotate_df()轉置數(shù)據(jù)框

20、scWGCNA

https://github.com/CFeregrino/scWGCNA 單細胞數(shù)據(jù)共表達網絡分析

21、gtsummary

可以把回歸分析的結果直接整理成表格 github主頁 https://github.com/ddsjoberg/gtsummary

22、distill

R語言里構建網站 https://distillery.rbind.io/

23、ghibli

https://github.com/ewenme/ghibli 吉普力工作室動畫配色R包

24、wesanderson

https://github.com/karthik/wesanderson R語言作圖配色包 好像都是老電影的配色
https://moviesincolor.com/

25、prismatic

https://emilhvitfeldt.github.io/prismatic/index.html 也是關于顏色的

26、ggquiver

https://pkg.mitchelloharawild.com/ggquiver/reference/geom_quiver.html 一次性畫很多個箭頭

27、mmtable2

https://github.com/ianmoran11/mmtable2

28、MLDataR

機器學習數(shù)據(jù)R包 https://github.com/StatsGary/MLDataR 主要是醫(yī)學相關的數(shù)據(jù)

29、ngsReports

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ngsReports/inst/doc/ngsReportsIntroduction.html

30、Rfastp

R語言里使用fastp處理fastq數(shù)據(jù) http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Rfastp/inst/doc/Rfastp.html

歡迎大家關注我的公眾號

小明的數(shù)據(jù)分析筆記本

小明的數(shù)據(jù)分析筆記本 公眾號 主要分享:1、R語言和python做數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)可視化的簡單小例子;2、園藝植物相關轉錄組學、基因組學、群體遺傳學文獻閱讀筆記;3、生物信息學入門學習資料及自己的學習筆記!

?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯(lián)系作者
【社區(qū)內容提示】社區(qū)部分內容疑似由AI輔助生成,瀏覽時請結合常識與多方信息審慎甄別。
平臺聲明:文章內容(如有圖片或視頻亦包括在內)由作者上傳并發(fā)布,文章內容僅代表作者本人觀點,簡書系信息發(fā)布平臺,僅提供信息存儲服務。

相關閱讀更多精彩內容

友情鏈接更多精彩內容