文本處理是完成生信項(xiàng)目的基本功,能實(shí)現(xiàn)的方法絕對(duì)不止一種,最先想到的肯定是你比較熟悉的,這個(gè)時(shí)候誰(shuí)能抵過(guò)單行命令的誘惑呢?awk是由Alfred Aho、Peter Wein...
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一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對(duì)到基因組上 2、StringTie 將比對(duì)好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計(jì)表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
shenwei爪哥開(kāi)發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬(wàn)能工具。之前處理fq/fa文件時(shí)花時(shí)間寫(xiě)的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就解決。實(shí)在是提升效率,整合流程...
2021/03/22 這是一個(gè)小任務(wù) 讀取某個(gè)目錄下的文件 結(jié)果是一個(gè)列表,包括此目錄下所有的文件的全稱 及 文件擴(kuò)展名(.txt,.fasta,.gz等) 循環(huán)輸出每一個(gè)文...
10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率(符合泊松分布1): 根據(jù)Poisson分布,單個(gè)液滴包含超過(guò)一個(gè)細(xì)胞(doublets或multiplets)的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變。通常如果上...
前兩天朋友圈在傳一本Xiangdong Wang老師的一本書(shū):Single-cell Sequencingand Methylation :Methods and Clin...