文本處理是完成生信項(xiàng)目的基本功，能實(shí)現(xiàn)的方法絕對(duì)不止一種，最先想到的肯定是你比較熟悉的，這個(gè)時(shí)候誰(shuí)能抵過(guò)單行命令的誘惑呢？awk是由Alfred Aho、Peter Wein...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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【linux】單行命令-第1部分：awk基礎(chǔ)
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對(duì)到基因組上 2、StringTie 將比對(duì)好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計(jì)表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
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fasta/fq文件處理萬(wàn)能工具——Seqkit學(xué)習(xí)記錄
shenwei爪哥開(kāi)發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬(wàn)能工具。之前處理fq/fa文件時(shí)花時(shí)間寫的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就解決。實(shí)在是提升效率，整合流程...
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fastq 文件處理
2021/03/22 這是一個(gè)小任務(wù) 讀取某個(gè)目錄下的文件 結(jié)果是一個(gè)列表，包括此目錄下所有的文件的全稱 及 文件擴(kuò)展名（.txt,.fasta,.gz等） 循環(huán)輸出每一個(gè)文...
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scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布，單個(gè)液滴包含超過(guò)一個(gè)細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變。通常如果上...
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讀《Single Cell Biomedicine》|| 新工具新視角前兩天朋友圈在傳一本Xiangdong Wang老師的一本書(shū)：Single-cell Sequencingand Methylation ：Methods and Clin...
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學(xué)習(xí)生物信息，我都應(yīng)該掌握那些內(nèi)容？持續(xù)更新ing.....最后更新時(shí)間：2019/3/8 10:28 AM 1.linux命令 1.1 linux的權(quán)限 權(quán)限： eg： 7=4+2+1 #代表w+r+x權(quán)限...
