發(fā)簡信
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deseq2篩選結(jié)果-20190804
Version:1.0StartHTML:0000000107EndHTML:0000001502StartFragment:000000012...
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GSEA
參考文章：GSEA的分析匯總 - 簡書；https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/785...
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WGCNA
WGCNA（加權基因共表達網(wǎng)絡分析） - 簡書 WGCNA分析，簡單全面的最新教程 - 簡書 http://pages.stat.wisc.ed...
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生成htseq-count的input文件
參考文章：RNA-seq(6): reads計數(shù)，合并矩陣并進行注釋 - 簡書；RNA-seq分析htseq-count的使用 - 望著小月亮 ...
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使用 R 語言 DESeq2 對 RNA-seq 數(shù)據(jù)的下游分析
參考文章：使用 R 語言 DESeq2 對 RNA-seq 數(shù)據(jù)的下游分析 — 小小羊 最后作heatmap圖時報錯： 解決方法： 報錯時，紅框...
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安裝GSEA
參考文章Window安裝基因集富集分析軟件GSEA | Public Library of Bioinformatics 上面的文章很詳細，但是...
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將stringtie的輸出結(jié)果轉(zhuǎn)換為Deseq2的input參考實現(xiàn)Stingtie與DEseq2的無縫連接 - 簡書 StringTie 10samples-List.txt： 生成以下文件： 16...
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rnaseq-R
library(ballgown) library(RSkittleBrewer) library(genefilter) library(dp...
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第七步-ballgown的相關參數(shù)
轉(zhuǎn)自轉(zhuǎn)錄組差異表達分析工具Ballgown | Biochen生物 Ballgown的輸入文件 StringTie使用-B參數(shù)直接生成Ballg...