Dsuite據(jù)說(shuō)是相較于其他相似軟件，占用的資源很少，這就給了我在自己服務(wù)器上操作的空間。官網(wǎng)：https://github.com/millanek/Dsuite[http...
IP屬地：陜西
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Dsuite的使用 -
TOOL:Dsuite--基因滲入分析工具
看2020年新發(fā)表的文章[http://engine.scichina.com/doi/10.1360/SSV-2020-0126]，把基因漸滲工具分為幾類(lèi)。 第一類(lèi)基于種間...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過(guò)NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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自然雜交研究中有關(guān)漸滲和基因流的軟件2021-08-05
(1)Migrate-n （2)BayesASS3 (3)NewHybrids (4)parallelnewhybrid (5)introgress (6)ABBA-BABA...
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱(chēng)之為史上最全基因流（也稱(chēng)基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來(lái)源，...
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ABBA-BABA遺傳滲入分析（Dsuite軟件）ABBA-BABA分析方法最早發(fā)布于2012年NATURE的文章：Butterfly genome reveals promiscuous exchange of mimic...
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fastsimcoal2 推斷群體演化歷史案例案例一 IM20Mb.tpl IM20Mb.est run line .tpl中字母代表的是要估計(jì)的參數(shù)，有些給定的值如果在.est文件中定義，也會(huì)重新估計(jì)。.est文件中文...
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fastsimcoal2推斷群體演化歷史(Demographic history)1. 群體演化歷史分析的案例： 群體演化包括有效群體大小(Ne)變化、基因流，遷徙，分化等，會(huì)對(duì)等位基因頻率產(chǎn)生顯著影響，塑造了現(xiàn)有遺傳多樣性的模式和水平。群體演化、遺傳漂變...
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應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程eggnog-mapper實(shí)現(xiàn)功能注釋 eggNOG-Mapper介紹 通常功能注釋的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常見(jiàn)的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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8. GWAS：親緣關(guān)系——TASSEL&GCTA? 指在非家系群體或系譜不明確的群體中兩特定材料之間的遺傳相似度與任意材料之間的遺傳相似度的相對(duì)值； ? 材料間不平衡的血緣關(guān)系是導(dǎo)致標(biāo)記出現(xiàn)非連鎖相關(guān)的另一個(gè)重要原因，小家...
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@Morriyaty 您好，您用R畫(huà)出來(lái)了么？我出來(lái)summary文件，但是沒(méi)有出圖
種群動(dòng)態(tài)歷史評(píng)估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解、介紹的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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種群動(dòng)態(tài)歷史評(píng)估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）SFS的基本理解、介紹的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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Stairway-plot群體動(dòng)態(tài)圖
一 首先用BayesScan刪除受選擇的位點(diǎn)1.輸入文件：PGDSpider將VCF 轉(zhuǎn)為GESTE/BayScan格式，即下面的bates.xml2.運(yùn)行命令 3.輸出文...
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@早睡早起abcdefg 然后用java -cp stairway_plot_es Stairbuilder two-epoch_fold.blueprint命令要么？
種群動(dòng)態(tài)歷史評(píng)估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解、介紹的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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請(qǐng)問(wèn)你是怎么運(yùn)行的呢？
種群動(dòng)態(tài)歷史評(píng)估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解、介紹的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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請(qǐng)問(wèn)你跑出圖片了嗎？我現(xiàn)在有obs文件
Stairway-plot群體動(dòng)態(tài)圖
一 首先用BayesScan刪除受選擇的位點(diǎn)1.輸入文件：PGDSpider將VCF 轉(zhuǎn)為GESTE/BayScan格式，即下面的bates.xml2.運(yùn)行命令 3.輸出文...
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位點(diǎn)頻譜(SFS)計(jì)算1. 什么是位點(diǎn)頻譜(site frequency spectrum)? 位點(diǎn)頻譜也叫等位基因頻譜(allele frequency spectrum)是群體遺傳學(xué)的術(shù)語(yǔ)，用...
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7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)——MEGA系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹(shù)形圖，用來(lái)描述物種（或材料、序列等）之間的分類(lèi)和演化關(guān)系，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典、直觀、有效的方法；...
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您好，一個(gè)位點(diǎn)有兩個(gè)等位基因頻率，那應(yīng)該那個(gè)呢？
vcf文件與vcftools（二）
vcftools是用來(lái)處理vcf和bcf文件的工具集，功能涵蓋了過(guò)濾，數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換，一些指標(biāo)的統(tǒng)計(jì)計(jì)算，vcf文件之間變異信息的差異比較等等。 1.基本用法 2.使用 官網(wǎng)提...
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vcf文件與vcftools（二）
vcftools是用來(lái)處理vcf和bcf文件的工具集，功能涵蓋了過(guò)濾，數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換，一些指標(biāo)的統(tǒng)計(jì)計(jì)算，vcf文件之間變異信息的差異比較等等。 1.基本用法 2.使用 官網(wǎng)提...