RepeatMasker二.再次學(xué)習(xí) 2023年3月16日 9:28 近期通過看文獻(xiàn)和接觸到的新的重復(fù)序列注釋工具，對RepeatMasker的使用理解加深了一點(diǎn)點(diǎn)，對重復(fù)序...
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RepeatMasker注釋重復(fù)序列二 -
Genewise簡介及安裝
Genewise是Wise2軟件的核心程序，在官網(wǎng)上自我介紹時說自己是Ensembl的pipeline 程序，有網(wǎng)友提到這是一個非常老的軟件，最新版本開發(fā)出來也有10多年了，...
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文獻(xiàn)解讀前言： 最近在浙大學(xué)習(xí)，張老師分享給我近期Cell文章公布的南極磷蝦的基因組最新研究，讓我組會上講一下，那就精讀一下，看一下(想起導(dǎo)師前段時間分享給我的那篇Cell文章還沒有...
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利用宏基因組數(shù)據(jù)組裝基因組-評估篇
前言： 最近組裝了一種病原體的基因組，基因組大小為610kb，結(jié)果發(fā)現(xiàn)在300,000-400,000之間發(fā)現(xiàn)很多的Gap區(qū)域，需要找一下原因。因?yàn)槭怯枚鷶?shù)據(jù)測的，我先推測...
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利用宏基因組數(shù)據(jù)組裝某病原體基因組一(組裝篇)一.前言： 有時候拿到某病原體感染病人的樣本，未經(jīng)培養(yǎng)而想獲得病原體的基因組序列，直接利用二代測序獲得進(jìn)行宏基因組測序，通常思路就是通過bwa或者bowtie2與參考基因組比...
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查看服務(wù)器CPU配置
前言： 從2017年10月份我開始轉(zhuǎn)入生物信息學(xué)域工作學(xué)習(xí)，醫(yī)學(xué)出身又都是自己學(xué)習(xí)(閉門造車)，一路來磕磕絆絆，對于計算機(jī)硬件的理解一直是我短板，作為服務(wù)器使用者，有必要理解...
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高質(zhì)量的肩突硬蜱基因組促進(jìn)了蜱類科學(xué)的發(fā)展新年伊始，Nature Genetics公布了由美國Maryland大學(xué)科研人員對肩突硬蜱基因組進(jìn)行測序組裝的最新研究結(jié)果，這是第三版的肩突硬蜱基因組了，而上一次是2015年...
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非Root用戶安裝Perl模塊
在安裝RepeatModeler-2.0.1時，第一步配置configure文件，perl configure時提醒沒有安裝Perl的File::Which模塊。 The f...
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轉(zhuǎn)錄組比對軟件STAR安裝及使用發(fā)現(xiàn)服務(wù)器上沒有安裝STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference)，這個轉(zhuǎn)錄組最常用的比對工具之一，也是我之前一直的用...
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最詳細(xì)的HiC-Pro使用記錄及結(jié)果解讀Hi-C技術(shù)通過交聯(lián)等實(shí)驗(yàn)步驟獲得空間上相連的DNA片段，即物理位置上較遠(yuǎn)的DNA片段之間的互作信息。根據(jù)染色體內(nèi)部的互作概率顯著高于染色體之間的互作概率將不同的contig...
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孤雌生殖的普魯士鯉魚同源/異源多倍體基因組的平衡進(jìn)化瀏覽到今年在NC上發(fā)表的一篇針對孤雌生殖的六倍體普魯士鯉魚的基因組文章，作者組裝到了單體型水平，前段時間也看到了國內(nèi)學(xué)者對孤雌的銀鯽的文章，發(fā)在了nature另一子刊上了，這...
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GMAP一款比對工具用于ALLHiC構(gòu)建等位基因表
在ALLHiC使用過程中需要構(gòu)建Allele.ctg.table，用于過濾多倍體基因組中因等位序列相似引起的HiC噪音的必要輸入。官網(wǎng)提供了兩種辦法，一種是blastn，需要...
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Minimap2:三代比對工具在使用Purge_dups去冗余時，用到了Minimaps2，把學(xué)習(xí)的東西整理一下。先聲明本文軟件介紹的很多內(nèi)容來自 “生信算法”公眾號文章，用來作為自己的學(xué)習(xí)記錄，原文作者...
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Seqkit：強(qiáng)大的序列處理工具Seqkit是一款專門處理fsata/q序列文件的軟件。 github地址: https://github.com/shenwei356/seqkit 下載地址： https...
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博士開題
博士開題，毫無疑問搞砸了，也被導(dǎo)師批了一頓。開題準(zhǔn)備工作不足，昨天晚上還在調(diào)整PPT，2~3點(diǎn)時想起了17年冬天在華大學(xué)習(xí)的日子，當(dāng)時的日常生活和今天一樣，今天的匯報也...
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好問題，我找找
Jellyfish進(jìn)行Kmer評估基因組大小
我們對一個新物種進(jìn)行基因組測定時，一般需要先對該物種進(jìn)行基因組survey，估計基因組大小、雜合率、重復(fù)序列比例、GC含量和倍性等信息，其中基因組大小直接影響我們后續(xù)三代測序...
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單倍體組裝工具Hifiasm簡介及基本運(yùn)行命令(一)隨著測序技術(shù)的發(fā)展及新的組裝工具的不斷開發(fā)應(yīng)用，基因組denovo測序及組裝進(jìn)入了Genomic2.0時代，我認(rèn)為Genomic2.0時代的標(biāo)志有兩點(diǎn)：1. 三代長讀長測序及...
