發(fā)簡信
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提取10X空間組cloupe文件數(shù)據(jù)
分享一個快捷的提取工具，github上發(fā)布的，可以直接提取表達矩陣和空間坐標等信息。 cloupe-extract cloupe-extract...
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R PDF 格式保存報錯
記錄一個R圖像存儲的問題，在通過R-studio生成圖像時，以pdf格式存儲會出現(xiàn)如下錯誤提示：Error in grid.Call.graph...
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關(guān)閉PS和AI的版權(quán)提示框在使用Adobe系列軟件時，若沒有正版授權(quán)，則會出現(xiàn)彈窗，該彈窗是由Adobe Genuine Service 軟件彈出的，且該彈窗無法關(guān)閉，下...
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R 進階cheat sheet一、數(shù)據(jù)框切片 去掉數(shù)據(jù)框具體某一列一階：切片，不要那個就負號去除，例如df[,c(-1,-3,-5)]。顯然如果數(shù)據(jù)框比較大，又是中間的項，就...
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大數(shù)據(jù)量單細胞數(shù)據(jù)處理方式
單細胞數(shù)據(jù)爆發(fā)，現(xiàn)在細胞數(shù)據(jù)隨便就是萬和百萬級別，除了有許多專門開發(fā)出來快速處理百萬級的工具包（例如Cumulus等）和down sample的...
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Seurat 報錯記錄
bug千千萬，改完又忘，忘了又出…… 記錄在Seurat分析中各種各樣的花式bug們???? 1. FindVariableFeatures()報錯...
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提取基因組fasta與比對bam/sam文件序列二代、三代測序被廣泛應(yīng)用，組學數(shù)據(jù)爆發(fā)，經(jīng)常會遇到需要可視化比對效果的情況，常用的可是化工具就是IGV, samtools, tablet等，但...
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pyscenic生成auc.loom文件卻缺失regulon信息pyscenic在通過loom文件讀入單細胞數(shù)據(jù)運行，最后會生成所有的文件，包括最后一步AUCell的結(jié)果，但是實際提取時會發(fā)現(xiàn)regulon信...
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pyscenic的結(jié)果不可重復(fù)一、pyscenic的結(jié)果不可重復(fù) 最近在運行pyscenic的結(jié)果的時候發(fā)現(xiàn)了兩次相同參數(shù)相同數(shù)據(jù)的結(jié)果存在不一致，回溯發(fā)現(xiàn)scenic的第一...