從我寫的RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋中提取出來這部分，方便以后修改補(bǔ)充 參...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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R包biomaRt: 轉(zhuǎn)換ID、注釋基因、GO通路 -
有了TPM，怎么做基因表達(dá)分析、相關(guān)性分析和主成分分析TPM是RNAseq測序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多測序公司也開始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了，基因表達(dá)分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
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跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(八):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異基因分析及多組結(jié)果可視化
接著單細(xì)胞下游分析： 從Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(一):開端?。。http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid...
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免疫學(xué)碩士一枚～<br>生信熱愛者但是小白一枚~<br>目前成就為0~<br>加油哦，一大波成就正在路上啦~<br>啾~豬莎要加油哦~
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geo中的數(shù)據(jù)都是count數(shù)據(jù)嘛？
如何判斷你的GEO數(shù)據(jù)中的count值是否為log后的
我下載了4個(gè)GEO乳腺癌的數(shù)據(jù)集，想要把它們整合為一個(gè)數(shù)據(jù)集，在獲取了表達(dá)矩陣，提取了想要的數(shù)據(jù)，并且注釋了探針名后，我想，終于可以整合了，然后，我就遇到了問題。除了其中一個(gè)...
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感謝，記錄一下，aes是組內(nèi)比較，comparison是組間比較??
R語言ggplot2添加統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性
用到 函數(shù)兩種用法： 一、用aes函數(shù)映射 這個(gè)方法可以在組內(nèi)進(jìn)行比較 二、用comparison添加 這個(gè)只能在組間進(jìn)行比較，comparison的賦值必須是x軸上的值“長...
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R語言ggplot2添加統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性
用到 函數(shù)兩種用法： 一、用aes函數(shù)映射 這個(gè)方法可以在組內(nèi)進(jìn)行比較 二、用comparison添加 這個(gè)只能在組間進(jìn)行比較，comparison的賦值必須是x軸上的值“長...
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解決pRRophetic R包報(bào)錯(cuò)：Error in if (class(testExprData) != "matrix") stop("ERROR: "testExprData" must ...今天用pRRophetic R包時(shí)發(fā)現(xiàn)不能用了，出現(xiàn)Error in if (class(testExprData) != "matrix") stop("ERROR: \"...
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TCGA的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性數(shù)據(jù)獲取和可視化1.背景知識 在一篇文章里看到了微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（Microsatellite Instability，MSI）與riskscore的關(guān)系圖，就去查了一下，很好的背景知識資料：...
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R語言分析6：TIDE評分TIDE（http://tide.dfci.harvard.edu/[http://tide.dfci.harvard.edu/]）代表腫瘤免疫功能障礙和排斥，用于評估免疫療...
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免疫檢查點(diǎn)的高低風(fēng)險(xiǎn)分組的基因表達(dá)情況可以針對這79個(gè)基因一同做比較嗎，有的文章中的免疫檢查點(diǎn)基因數(shù)量只有二十幾個(gè)，是只選擇了其中的部分進(jìn)行嗎??
【科研熱點(diǎn)】免疫檢查點(diǎn)相關(guān)基因
前面小編跟大家分享過一些科研熱點(diǎn)相關(guān)的基因集 ? m6A甲基化相關(guān)基因集[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin...
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如果將小于等于0的定義為nan，那如果數(shù)據(jù)中確實(shí)存在這樣的值，之后處理過的數(shù)據(jù)不就會有很多nan值嗎，那對于這些出來的nan值，是怎么處理呢，刪去嗎還是怎么
R語言實(shí)踐二之?dāng)?shù)據(jù)預(yù)處理、探針I(yè)D轉(zhuǎn)換、探針去重
目標(biāo)二：數(shù)據(jù)預(yù)處理，探針I(yè)D轉(zhuǎn)換，探針去重1、數(shù)據(jù)預(yù)處理自動log2化，解釋 以上代碼在GEO官網(wǎng)可查。 2、探針基因名轉(zhuǎn)換platformMap.txt中有常見的平臺各R注...
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那么出現(xiàn)的nan值要去掉嗎
R語言中特殊值NaN、Inf 、NA、NULL
前言：學(xué)習(xí)R過程中，數(shù)據(jù)中往往會出現(xiàn)一些詭異的符號，而不是數(shù)值，那么他們到底是什么意思呢？下面帶領(lǐng)大家一探究竟。 (一) 特殊值的概念 1. NaNR中的無定義數(shù)用NaN表示...
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想請教一下啊，如果像這樣多因素回歸的結(jié)果都大于0.05，那么還能用嗎?
單因素、多因素COX回歸分析在R中的實(shí)現(xiàn)與常見問題解答
在生信分析的過程中，單因素、多因素COX回歸分析常用來篩選與患者預(yù)后有關(guān)的因素，相信很多小伙伴對此并不陌生。那么，如何在R中進(jìn)行單因素、多因素COX回歸分析？COX回歸分析與...
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R ESTIMATE計(jì)算免疫基質(zhì)得分以及腫瘤純度ESTIMATE計(jì)算免疫基質(zhì)得分以及腫瘤純度 1.概述 Estimate根據(jù)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來計(jì)算免疫基質(zhì)得分，也可得到腫瘤樣本的腫瘤純度 其原理本質(zhì)上是先收集好免疫基因集和基質(zhì)基...
