@Miaoxx 說(shuō)明你還不會(huì)安裝R包，這個(gè)包作為GDC官方唯一推薦的R包，是不可能安裝不了的哈
新版TCGA的突變SNP數(shù)據(jù)下載和整理關(guān)于TCGAbiolinks包的學(xué)習(xí)前面一共介紹了5篇推文。 今天繼續(xù)學(xué)習(xí)如何使用TCGAbiolinks下載和整理MAF格式的突變數(shù)據(jù)。 之前的TCGA的MAF文件是可以下...
很多人戲稱調(diào)參的過(guò)程就像是"煉丹"！確實(shí)差不多，而且很多時(shí)候你調(diào)整后的結(jié)果可能還不如默認(rèn)的結(jié)果好！這就好比打游戲，"一頓操作猛如虎，一看戰(zhàn)績(jī)0比5"！ 模型調(diào)優(yōu)一定要基于對(duì)算...
前面一篇介紹了如何使用mlr3創(chuàng)建任務(wù)和學(xué)習(xí)器、擬合模型、預(yù)測(cè)和簡(jiǎn)單的評(píng)價(jià)，本篇將模型評(píng)價(jià)的一些細(xì)節(jié)問(wèn)題，展示mlr3如何使得這些步驟變得更加簡(jiǎn)單！ 二分類變量和ROC曲線 ...
關(guān)于TCGAbiolinks包的學(xué)習(xí)前面一共介紹了5篇推文。 今天繼續(xù)學(xué)習(xí)如何使用TCGAbiolinks下載和整理MAF格式的突變數(shù)據(jù)。 之前的TCGA的MAF文件是可以下...
很多人因?yàn)榫W(wǎng)絡(luò)原因不能使用TCGAbiolinks這個(gè)神包下載TCGA的RNA-seq數(shù)據(jù)，只能通過(guò)瀏覽器訪問(wèn)GDC TCGA的官網(wǎng)進(jìn)行下載，而下載后得到的是一個(gè)個(gè)文件夾，對(duì)...
上一篇文章里面簡(jiǎn)單學(xué)習(xí)了一下表達(dá)矩陣的提取，順便探索了一下SummarizedExperiment對(duì)象。 今天學(xué)習(xí)下用TCGAbiolinks做差異分析。 加載R包和數(shù)據(jù) 首...
本文首發(fā)于公眾號(hào)：醫(yī)學(xué)和生信筆記，完美觀看體驗(yàn)請(qǐng)至公眾號(hào)查看本文。醫(yī)學(xué)和生信筆記，專注R語(yǔ)言在臨床醫(yī)學(xué)中的使用，R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析和可視化。 這是R語(yǔ)言和醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)的第2篇內(nèi)容。...
本文首發(fā)于公眾號(hào)：醫(yī)學(xué)和生信筆記 醫(yī)學(xué)和生信筆記，專注R語(yǔ)言在臨床醫(yī)學(xué)中的使用，R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析和可視化。主要分享R語(yǔ)言做醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)、meta分析、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)、臨床預(yù)測(cè)模型、機(jī)...
本文首發(fā)于公眾號(hào)：醫(yī)學(xué)和生信筆記 醫(yī)學(xué)和生信筆記，專注R語(yǔ)言在臨床醫(yī)學(xué)中的使用，R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析和可視化。主要分享R語(yǔ)言做醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)、meta分析、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)、臨床預(yù)測(cè)模型、機(jī)...
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眾所周知，TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)改版了??！改的比之前更好用了！ 對(duì)于常規(guī)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，主要是以下幾點(diǎn)改變： 下載一次即可獲得counts、TPM、FPKM三種類型的表達(dá)矩陣，再也不用單...
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mlr3簡(jiǎn)介 mlr3包和其擴(kuò)展包為R語(yǔ)言提供了一個(gè)統(tǒng)一的、面向?qū)ο蟮?、可擴(kuò)展的機(jī)器學(xué)習(xí)框架，可用于回歸、分類、生存分析和其他機(jī)器學(xué)習(xí)任務(wù)。mlr3并沒(méi)有引入新的機(jī)器學(xué)習(xí)算法...
