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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2 -
@許東 一般不會(huì)出現(xiàn)這種情況，你看看是不是參數(shù)設(shè)置出問(wèn)題了？
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對(duì)及分析匯總（個(gè)人分析記錄貼）
0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫(xiě)introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來(lái)，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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@1de241d8bbe1 感謝指出問(wèn)題
2020-01-23 RSEM轉(zhuǎn)錄組RNA-seq測(cè)序分析實(shí)操
測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控和過(guò)濾 見(jiàn)上一篇論文 http://m.itdecent.cn/p/0a8461b1ea7a[http://m.itdecent.cn/p/0a84...
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@3828fd8cf521 是的哦，或者找個(gè)linux計(jì)算機(jī)也行，因?yàn)楹芏嘬浖窃趌inux環(huán)境下使用的
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對(duì)及分析匯總（個(gè)人分析記錄貼）
0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫(xiě)introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來(lái)，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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Bismark Bisulfite Mapper學(xué)習(xí)筆記（二）甲基化信息提取以及文件解讀(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附帶一個(gè)補(bǔ)充的bismark_methylation_extractor腳本，它對(duì)Bismark結(jié)果文件進(jìn)行操作，并對(duì)每個(gè)C進(jìn)...
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RNA-seq(5):序列比對(duì)：Hisat2比對(duì)軟件很多，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T(mén)，請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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Gephi 官方手冊(cè)：一款關(guān)系可視化網(wǎng)絡(luò)圖工具的簡(jiǎn)明教程Gephi 和網(wǎng)絡(luò)圖 今天要分享的一款網(wǎng)絡(luò)圖工具：Gephi。 你可能沒(méi)聽(tīng)過(guò) Gephi，但說(shuō)起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data，一定不陌生。 在這兩款的數(shù)...
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聚焦「 數(shù)據(jù)科學(xué) | 深度學(xué)習(xí) | 生命科學(xué) | Python | 機(jī)器學(xué)習(xí) 」等前沿交叉學(xué)科，定期分享理論教程與應(yīng)用實(shí)踐等。
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CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析教程（5）引言 本系列[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/] 將開(kāi)展全新的CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析專(zhuān)欄。想要獲取更多教程...
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最全bcftools使用說(shuō)明--只看本文就夠了1 簡(jiǎn)介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動(dòng)檢測(cè)輸入的格...
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熱圖如何展示特定行名，縮放單元格大??？今天結(jié)合nature medicine中的一篇文章，和大家分享下熱圖的繪制，主要亮點(diǎn)功能是：（1）名稱(chēng)太多看不清，如何只展示特定的名稱(chēng)？（2）數(shù)據(jù)太密集，如何快速調(diào)整單元格的...
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結(jié)合Seurat批量去除環(huán)境RNA污染（SoupX）2022-05-19相似關(guān)鍵詞 背景RNA，環(huán)境RNA，RNA污染，游離RNAbackground mRNAs, ambient RNA, RNA contamination, cell fr...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細(xì)胞熱圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://m.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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featurecounts的使用說(shuō)明官網(wǎng)：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻(xiàn)參考：featureCounts: an efficient general purpos...
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bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以對(duì)兩個(gè)基因組特征 (genomic features) 進(jìn)行overlap，找到兩者重合的區(qū)域。比如求兩個(gè)peaks的交集，或者看很多...
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使用deeptools計(jì)算ChIP-seq樣本之間的相關(guān)性整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。 當(dāng)我們需要評(píng)估ChIP-seq類(lèi)測(cè)序數(shù)據(jù)的相關(guān)性時(shí)，deeptools[...
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@1de241d8bbe1 感謝指出問(wèn)題
2020-01-23 RSEM轉(zhuǎn)錄組RNA-seq測(cè)序分析實(shí)操
測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控和過(guò)濾 見(jiàn)上一篇論文 http://m.itdecent.cn/p/0a8461b1ea7a[http://m.itdecent.cn/p/0a84...
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使用deeptools生成ChIP-seq信號(hào)熱圖與譜圖整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計(jì)算特定基因組...
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