Part1 數(shù)據(jù)下載 先去Korean Personal Genome Project下載了編號(hào)為KPGP-00001的數(shù)據(jù)。 先說(shuō)一下KPGP吧，中文名叫韓國(guó)個(gè)人基因組計(jì)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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WGS全流程的學(xué)習(xí)筆記
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2020-06-06-驅(qū)動(dòng)基因背景 腫瘤基因組學(xué)目前面臨的挑戰(zhàn)之一是將腫瘤形成過(guò)程中所涉及的基因組變化（即驅(qū)動(dòng)因素）與對(duì)癌細(xì)胞沒(méi)有任何益處的基因組區(qū)分開(kāi)來(lái)。癌癥形成的過(guò)程中驅(qū)動(dòng)基因（即那些帶有驅(qū)動(dòng)因子變化...
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推薦一份很棒的R語(yǔ)言學(xué)習(xí)參考資料最近在用R語(yǔ)言算一個(gè)數(shù)據(jù)量相對(duì)比較大的數(shù)據(jù)集，掛在服務(wù)器上運(yùn)行了一周也沒(méi)有得到結(jié)果，然后服務(wù)器突然死機(jī)了，一周的時(shí)間就白白浪費(fèi)了。之前也聽(tīng)說(shuō)過(guò)R語(yǔ)言的運(yùn)行速度相對(duì)比較慢，但是...
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TCGA和GEO套路文章解說(shuō)文章，重在研究思路。有好的思路，才能有精彩的故事。很多時(shí)候，我們想找一個(gè)好點(diǎn)子，比如性狀，疾病相關(guān)的關(guān)鍵分子，需要設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)，做大量的分子篩選的工作，對(duì)于土豪實(shí)驗(yàn)室可以可以大把...
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NGS基因檢測(cè)Panel的探針設(shè)計(jì)背景 目前市面上的腫瘤靶向用藥基因檢測(cè)Panel已非常常見(jiàn)，除了直觀層面的gene種類、數(shù)目、捕獲建庫(kù)方法的不同外，對(duì)于腫瘤panel， 探針定制之初相關(guān)的MSI位點(diǎn)、...
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R數(shù)據(jù)可視化8:金字塔圖和偏差圖其實(shí)圖形的基本組成都很簡(jiǎn)單，無(wú)非就是點(diǎn)、線、矩形、圓圈等，但是稍作改變就會(huì)變成完全不同的圖。就好像PCA圖和火山圖一樣，本質(zhì)都是點(diǎn)圖。今天我們來(lái)講一講條形圖的變形。 化妝后“...
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R語(yǔ)言一鍵制作Table 1，就是這么簡(jiǎn)單！
轉(zhuǎn)自醫(yī)學(xué)方 2019-07-4 Alexander 流行病學(xué)或者醫(yī)學(xué)論文中，對(duì)研究對(duì)象基本情況的描述通常以表格的形式進(jìn)行，并且放在結(jié)果部分的開(kāi)頭，即Table 1，主要內(nèi)容是...
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寫(xiě)給肖先生—致2周年打發(fā)掉剛剛睡醒，探頭探腦窺視我的肖先生，嘴角忍不住的上揚(yáng)，心里滿滿當(dāng)當(dāng)都是幸福和滿足。 肖先生，21天后是你29歲生日，好巧，也是我30歲生日，我們戀愛(ài)兩周年紀(jì)念日（在我寫(xiě)甜...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫(xiě)于19.6.8之前最開(kāi)始學(xué)習(xí)IGV的時(shí)候?qū)戇^(guò)兩篇推文，當(dāng)時(shí)簡(jiǎn)單做了了解，但有朋友說(shuō)意猶未盡，嗯我也這么覺(jué)得，總覺(jué)得還是學(xué)的不夠。推薦閱讀：https://github...
