前面已經(jīng)說(shuō)了很多的基礎(chǔ)概念和分析算法，但是大家應(yīng)該注意到了，前面的分析都限制在TCRαβ序列，分析還是具有一定的限制性，今天我們稍微做一下擴(kuò)展，優(yōu)化TCR分析距離的同時(shí)，分析...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：青海
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）TCR數(shù)據(jù)分析之TCRdist3(4) -
WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識(shí)別重要基因前面的文章中完成了數(shù)據(jù)導(dǎo)入和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，下面是將基因模塊與性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)，從而識(shí)別與表型相關(guān)的重要基因。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.co...
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CIBERSORT 免疫浸潤(rùn)1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly, all expression data should be non-negative, ...
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基于血管生成相關(guān)基因建立風(fēng)險(xiǎn)模型以及ceRNA網(wǎng)絡(luò)Identification of Angiogenesis-Related Prognostic Biomarkers Associated With Immune Cel...
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一篇WGCNA文章復(fù)現(xiàn)-GSE85589-下集
前面由于對(duì)miRNA的探針數(shù)目沒(méi)有正確的理解，以為數(shù)據(jù)一直沒(méi)有下載完全，折騰了一番。后來(lái)經(jīng)老大jimmy提醒了，miRNA有2000左右的探針就是正常的呀。所以就可以愉快地繼...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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24-基于免疫相關(guān)基因構(gòu)建肝癌免疫預(yù)后模型（IPM）一.研究背景 眾所周知，TP53突變是肝細(xì)胞癌（HCC）中最常見(jiàn)的突變，它影響著HCC的進(jìn)展和預(yù)后。盡管TP53突變?cè)贖CC患者預(yù)后中的致病作用已被充分證實(shí)，但其對(duì)HCC免疫...
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GSEA和GSVA，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書(shū)里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個(gè)叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語(yǔ)言化了。那么以后想做G...
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timeROC的升級(jí)版全面解讀之前的timeROC曲線圖在：(本來(lái)這里應(yīng)該有個(gè)鏈接，可是已經(jīng)被封了，又不讓放別的平臺(tái)的鏈接，所以放不了了。)剛剛對(duì)它進(jìn)行了一點(diǎn)調(diào)整和升級(jí)。 1.輸入數(shù)據(jù) 需要有3列，生存時(shí)...
