前面已經(jīng)說(shuō)了很多的基礎(chǔ)概念和分析算法，但是大家應(yīng)該注意到了，前面的分析都限制在TCRαβ序列，分析還是具有一定的限制性，今天我們稍微做一下擴(kuò)展，優(yōu)化TCR分析距離的同時(shí)，分析...
前面的文章中完成了數(shù)據(jù)導(dǎo)入和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，下面是將基因模塊與性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)，從而識(shí)別與表型相關(guān)的重要基因。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.co...
1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly, all expression data should be non-negative, ...
Identification of Angiogenesis-Related Prognostic Biomarkers Associated With Immune Cel...
前面由于對(duì)miRNA的探針數(shù)目沒(méi)有正確的理解，以為數(shù)據(jù)一直沒(méi)有下載完全，折騰了一番。后來(lái)經(jīng)老大jimmy提醒了，miRNA有2000左右的探針就是正常的呀。所以就可以愉快地繼...
1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
一.研究背景 眾所周知，TP53突變是肝細(xì)胞癌（HCC）中最常見(jiàn)的突變，它影響著HCC的進(jìn)展和預(yù)后。盡管TP53突變?cè)贖CC患者預(yù)后中的致病作用已被充分證實(shí)，但其對(duì)HCC免疫...
前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個(gè)叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語(yǔ)言化了。那么以后想做G...
之前的timeROC曲線圖在：(本來(lái)這里應(yīng)該有個(gè)鏈接，可是已經(jīng)被封了，又不讓放別的平臺(tái)的鏈接，所以放不了了。)剛剛對(duì)它進(jìn)行了一點(diǎn)調(diào)整和升級(jí)。 1.輸入數(shù)據(jù) 需要有3列，生存時(shí)...
1.需求 為了直觀的展示免疫治療結(jié)果與病人風(fēng)險(xiǎn)高低之間的關(guān)系，如圖： 2.數(shù)據(jù) 需要病人的高低風(fēng)險(xiǎn)分組，和免疫治療結(jié)果 3.畫圖代碼 因?yàn)閿?shù)據(jù)是編的，就不用看high和low...
