請(qǐng)問(wèn)下構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)會(huì)得到數(shù)據(jù)庫(kù)文件嗎？我按照這個(gè)構(gòu)建，沒(méi)有得到數(shù)據(jù)庫(kù)文件，在注釋的時(shí)候提示下載這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)文件，但是下載失敗，請(qǐng)問(wèn)這怎么解決??？謝謝！
snpEff構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫(kù)及完成vcf變異文件注釋1. 如果在沒(méi)有jdk12的conda下安裝snpeff，會(huì)報(bào)錯(cuò) 解決方法（針對(duì)非root用戶） 參考：http://m.itdecent.cn/p/3e3ebd397...
我用EVM的腳本轉(zhuǎn)換老師報(bào)錯(cuò)，把miniprot的gff轉(zhuǎn)為EVM的gff，請(qǐng)問(wèn)有遇到過(guò)的嗎？
EVM基因組注釋合并，你真的做對(duì)了嗎？基因組注釋這個(gè)東西攻略是五花八門(mén)，有些地方其實(shí)寫(xiě)錯(cuò)了，作者還以為很對(duì)，為什么呢，因?yàn)镋VIDENCEModerler經(jīng)常在錯(cuò)誤的輸入文件下也能跑，只是你不知道罷了。 今天帶大...
您好，請(qǐng)問(wèn)下miniprot得到的gff格式化，怎么轉(zhuǎn)變?yōu)镋VM可使用的格式啊，謝謝！
EVM基因組注釋合并，你真的做對(duì)了嗎？基因組注釋這個(gè)東西攻略是五花八門(mén)，有些地方其實(shí)寫(xiě)錯(cuò)了，作者還以為很對(duì)，為什么呢，因?yàn)镋VIDENCEModerler經(jīng)常在錯(cuò)誤的輸入文件下也能跑，只是你不知道罷了。 今天帶大...
@zz_a46c 參數(shù)設(shè)置有問(wèn)題，你是默認(rèn)參數(shù)吧
應(yīng)該是最新最詳細(xì)的MUMmer中文使用說(shuō)明如何使用MUMmer比對(duì)大片段序列 測(cè)序技術(shù)剛開(kāi)始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長(zhǎng)度，所以一般都是逐個(gè)基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過(guò)逐個(gè)基因聯(lián)配的方...
大佬，請(qǐng)問(wèn)下您這8層文件是怎么來(lái)的，這個(gè)才是關(guān)鍵
十二. Circos基因組作圖前言 最近進(jìn)行基因組數(shù)據(jù)分析，繪制圈圖，想做兩個(gè)基因組的比較分析，通過(guò)查詢文獻(xiàn)，發(fā)現(xiàn)棉花基因組圈圖在細(xì)節(jié)方面做的較好，主要就是染色體排布中間對(duì)稱，這樣共線性連線就不會(huì)出現(xiàn)交叉...
我之前用過(guò)eggNOG注釋，然后做go和kegg，似乎kegg結(jié)果很少?。?
本地搭建植物KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)及進(jìn)行注釋KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)包含豐富的功能信息及通路注釋，可由此了解生物系統(tǒng)的功能和效用。 而官方已經(jīng)不再免費(fèi)提供FTP下載氨基酸以及核酸序列庫(kù)，并且KAAS和Kofam等官方工具，要么在...
用PMAT跑不出來(lái)，很復(fù)雜沒(méi)有辦法解環(huán)，試試這個(gè)軟件，但是請(qǐng)問(wèn)下第三步和第四步的配置文件該怎么修改啊？謝謝各位大佬！
跟著B(niǎo)riefings in Bioinformatics學(xué)數(shù)據(jù)分析：植物線粒體基因組組裝流程GSAT初步嘗試論文 Master graph: an essential integrated assembly model for the plant mitogenome based ...
請(qǐng)問(wèn)下怎么設(shè)置線程啊，按照這個(gè)線程設(shè)置報(bào)錯(cuò)
「三代組裝」使用Canu對(duì)三代測(cè)序進(jìn)行基因組組裝Canu簡(jiǎn)介 目前Canu已經(jīng)更新到2.0版本，本文用的是Cau1.6版本，一些參數(shù)可能存在變動(dòng)，請(qǐng)注意分辨。 Canu是Celera的繼任者，能用于組裝PacBio和Nan...
絕了，怎么安裝都報(bào)錯(cuò)！
比較基因組學(xué)之共線性工具JCVI安裝及使用比較基因組學(xué)之共線性工具JCVI安裝及使用 jcvi及依賴的安裝 $ conda create -n jcvi -c bioconda -c conda-forge jcvi...
請(qǐng)問(wèn)呢下minimap2要運(yùn)行多久，結(jié)果文件多大啊，太慢了
De novo組裝#04 | 基因組去冗余（purge_dups）寫(xiě)在前面 冗余序列的產(chǎn)生和多種因素有關(guān)，如 CLR 的測(cè)序錯(cuò)誤，基因組自身的雜合性和重復(fù)序列的影響等等，purge_dups軟件能根據(jù)read深度分析組裝中haplotigs...
據(jù)說(shuō)Autohic可以自動(dòng)更正和調(diào)整，但是我用了效果很差，800多M的基因組，經(jīng)過(guò)他調(diào)整就只有60多M了，這肯定不行啊
【基因組組裝】HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯(cuò)？1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開(kāi)發(fā)。如果是復(fù)雜基因組，肯定是首選。對(duì)于簡(jiǎn)單基因組，我跑了下，結(jié)果不佳。提了issue，張老師...
老板寫(xiě)的不錯(cuò)，很詳細(xì)，我要用二代reads和pacbio revio HIFI reads來(lái)polish，請(qǐng)問(wèn)配置文件該怎么修改?。烤褪堑谒姆Npolish吧，大佬？謝謝！
De novo組裝#05 | 基因組糾錯(cuò)polish（racon+pilon, nextpolish）寫(xiě)在前面 在進(jìn)行染色體掛載之前一般對(duì)得到的 "primary assembly"（主要組裝/初始組裝結(jié)果）進(jìn)行進(jìn)一步的優(yōu)化，以減少錯(cuò)誤，提高基因組的質(zhì)量和準(zhǔn)確性。然后再將這些...
請(qǐng)問(wèn)下得到全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本后，怎么得到consensus sequences？謝謝大佬
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組分析流程 -- 數(shù)據(jù)質(zhì)控和預(yù)處理ONT全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是指基于牛津納米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。利用三代測(cè)序平臺(tái)長(zhǎng)度長(zhǎng) （lo...
您好，我nanopore測(cè)的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，無(wú)參考基因組，pychopper得到全長(zhǎng)數(shù)據(jù)，我后續(xù)該怎么得到consensus sequences？謝謝！
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組 | Iso-Seq 三代測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程 (PacBio) （2）-- pigeon通過(guò)isoseq collapse和pigeon，我們最終能得到帶有基因注釋的表達(dá)矩陣，后續(xù)基因的差異分析，差異基因的KEGG注釋等都和二代RNA-seq類似了。 Isose...
請(qǐng)問(wèn)你輸入reads呢？
線粒體組裝軟件（1）Mitofinder軟件介紹 聽(tīng)名字就可以猜出來(lái)Mitofinder是一個(gè)專門(mén)用于組裝線粒體基因組的軟件，該軟件運(yùn)行于liunx平臺(tái)，不僅可以用于組裝線粒體的基因組還可以用于注釋線粒體基因組，不...
請(qǐng)問(wèn)下運(yùn)行快嗎？200G二代數(shù)據(jù)，20線程大概多久可以運(yùn)行完成啊？
基因組組裝—SOAPdenovo2的使用一、簡(jiǎn)介 SOAPdenovo2是用于short-read組裝的軟件，能夠組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。SOAPdenovo主要用于大型植物和動(dòng)物基因組的組裝...
請(qǐng)問(wèn)下conda安裝的，沒(méi)有mitfi這個(gè)文件，是怎么回事?。咳缓髏RNA注釋就運(yùn)行不了，然后報(bào)錯(cuò)就停止運(yùn)行了？麻煩大佬看到回復(fù)下，謝謝！
線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）之前有過(guò)用二代測(cè)序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲(chóng)線粒體的經(jīng)歷，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）。 這里的二代測(cè)序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測(cè)序數(shù)據(jù)，因?yàn)槿~綠體和線粒體是多拷貝的，...
大佬這好詳細(xì)，謝謝了
De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫(xiě)在前面 初始組裝經(jīng)過(guò)基因組糾錯(cuò)（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級(jí)別的基因組提升到chromoso...
