發(fā)簡信
IP屬地：廣西
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生成netMHCpan輸入文件
不能直接輸入vcf真的很煩啊，氨基酸序列fasta太長了還會直接Segmentation Fault 過濾獲得PASS的vcf 我只用了gatk...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請下載2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個月過去，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來17T，c4gh解碼失敗...
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合并fq.gz
多個lane的fq文件合并
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ascp下載安裝報錯處理太長不看版：需要的話conda就完事了，但sra說是用ascp也不會快了改glibc gcc后患無窮，一定要提前備份，我半個月后yum inst...
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SRA公共數(shù)據(jù)下載下載安裝SRA Toolkit 網(wǎng)址：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloadin...
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用vcfR在RStudio-Server打開32G超大vcf文件
請務(wù)必設(shè)置verbose = T不然干等著也不知道是在跑還是卡住了真的很難受顯示如下
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修改時間和命令行顯示設(shè)置
root賬號 在.bashrc里添加
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CentOS7服務(wù)器配置RStudio-Server并更改R版本本操作需要root權(quán)限 2023-6-14更新 需要添加的R路徑變量有兩個，建議用conda安裝的R，我用R安不上Seurat，換成用conda...
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GATK4 BaseRecalibrator報錯：Query asks for data past end of contig
報錯代碼 這其實就是說有一個read比對到contig上的時候末尾超出去了，那只要簡單粗暴刪掉這對reads就不會再報錯啦~ 尋找報錯行 將排序...