發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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2019-10 文獻閱讀報告
十月文獻閱讀記錄 文獻閱讀一 Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a...
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Seurat使用教程（v3.0）Seurat使用教程（v3.0） Seurat是一個分析單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的R包，用于QC，分析和探索單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)，相關(guān)資料如下： 參...
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bamdst安裝及使用
得到測序文件進行比對后經(jīng)常需要對bam文件進行覆蓋深度、靶向捕獲效率的統(tǒng)計分析進行初步質(zhì)控。這里介紹一個輸出結(jié)果比較多的軟件bamdst，bam...
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breakdancer軟件檢測的SV變異用annovar注釋
首先，使用ALLbio軟件下的breakdancer2vcf.py轉(zhuǎn)化breakdancer得到的out文件GitHub地址：這里代碼如下： 復(fù)...
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SV變異檢測軟件（2）-CREST的安裝及簡單使用
CREST安裝 CREST是基于Split Read原理對SV結(jié)構(gòu)變異進行檢測的一個軟件。Github地址：https://github.com...
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SV變異檢測軟件（1）-breakdancer的安裝及簡單使用
小的Indel（Insertion 和 Deletion），指的是在基因組的某個位置上所發(fā)生的小片段序列的插入或者刪除，其長度通常在50bp以下...
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Qualimap安裝及簡單使用
對于高通量測序后的文件要進行質(zhì)控QC有多個軟件可以完成，包括最開始的fastqc以及對sam/bam文件的質(zhì)控如：samtools、mosdep...
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【Linux小筆記】無root權(quán)限時如何安裝軟件
在服務(wù)器上經(jīng)常遇到需要安裝某個軟件包的時候發(fā)現(xiàn)需要root權(quán)限才可以執(zhí)行編譯以進行安裝。那么除了向管理員申請superuser的權(quán)限這樣比較麻煩...