防杠疊甲：下述所有內容均為本人理解，歡迎友好的學術討論。覺得看不進去的，寫的不好的請windows用戶移步右上角×標記，mac用戶移步左上角，手機用戶請關機。 持續(xù)更新中 將...
IP屬地：西藏
-
PAML正選擇文獻閱讀與計算方法-自用版 -
群體遺傳 || Pophelper-群體結構可視化學習
Pophelper基本說明 群體遺傳下游分析中的一項常規(guī)分析即是群體結構的分層展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系統(tǒng)樹和PCA，群體結構分層可以分斷出小群體...
-
跟著Science學保守元件(Conserved Elemtns)的鑒定0.代碼來源文章參考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
-
二代測序通過bam文件統(tǒng)計深度和覆蓋度2024年3月1日更新 推薦直接用最近的新軟件PanDepth[https://github.com/HuiyangYu/PanDepth]，C語言寫的，速度很快。 以下為舊...
-
Fastsimcoal2 模擬群體案例假設我們想模擬經歷了以下群體演化歷史的群體樣本： 我們在3popDNASFS.par文件中來描述這個群體演化歷史的過程，這個演化過程是時間回溯的，從下往上依次來描述這個過程：...
-
僅作個人筆記 - 早期基因流的fastsimcoal2模型的配置文件僅作個人筆記使用意思就是只考慮我能不能看懂 只談兩個群體 配置文件來自于fsc論壇https://groups.google.com/g/fastsimcoal/c/AKrF...
-
fastsimcoal基因流和種群歷史動態(tài)可視化解讀參考 大型基因組SLAF-seq蕨類植物孢子強擴散能力下生態(tài)適應塑造的遺傳分化格局Ecological adaptation shaped the genetic struc...
-
使用Agora/ANGEs構建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
-
ROH分析及熱點區(qū)域計算0寫在前面 腳本方面充斥著CHATGPT，復制粘貼。盡管每個步驟都實際運行過，但因為是一邊實驗一邊寫，難免存在錯誤各種排版，細節(jié)問題懶得細摳了這篇文章又被鎖定了 1.文件處理...
-
箱線圖進行方差分析并添加顯著性標記歡迎關注R語言數據分析指南 本節(jié)來介紹如何在計算多樣性指數的基礎上來進行顯著性標記，可在文末找到獲取數據的方式 加載R包 導入數據 定義函數計算多樣性指數 數據整理 定義顏色...
-
-
-
統(tǒng)計fasta/fastq的序列長度及其分布展示首先得到每條序列的長度，在這里使用seqkit[https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#fx2tab-tab2fx]軟件。seqkit...
-
OrthoDB / Orthologer
Orthologer 為 OrthoDB 的應用程序 1. 安裝 用docker安裝Orthologer :docker pull ezlabgva/orthologer:v...
-
利用R包ggmsa進行多序列比對_2020-05-31## 1.設置當前工作目錄 setwd("./ggmsa") ## 2.安裝和導入R包 # install.packages("ggmsa") library(ggmsa) ...
-
哺乳動物器官中基因表達水平的進化
The evolution of gene expression levels in mammalian organs[https://pubmed.ncbi.nlm.nih...
-
保持好奇，持續(xù)學習
-
hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro，EndHic的安裝就簡單很多，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下，直接調用就行 怎么使用呢？不得不說一下，git...
-
????????????
chopper---過濾和質控你的測序reads
有些時候，我們得到的測序reads，長度超過了測序平臺的最長測序量或者說長度太短了不利于進行后續(xù)的組裝，例如：HiFi測序一般在15kb~20kb左右，但是你的hifi re...
