Seurat的beta version支持Space Ranger cell segmentation data的讀取，首先安裝R包seurat和seurat-object ...
發(fā)簡信
IP屬地：澳門
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Seurat讀取Visum HD的segmentation結(jié)果
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單細(xì)胞/空間組利用scanpy實現(xiàn)Seurat的splitby分頁繪圖在使用Seurat時，經(jīng)常需要對不同分類的樣本在同一畫布上進(jìn)行可視化，可以非常方便地通過其DimPlot()函數(shù)的goupyby和spliby等參數(shù)實現(xiàn)，例如對照組和實驗組，...
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@歡lh 人的
收集細(xì)胞注釋marker（持續(xù)更新）
"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells": ["CD3D", "CD3E...
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記錄運行scvelo過程中的報錯TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
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使用scVelo進(jìn)行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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Github 2FA驗證最近在登陸github的時候，總是跳出下面這個界面： 強制要求2FA驗證，否則上不了github。驗證方式可以有以下幾種： 比較坑的一點是，github并沒有提供中國區(qū)的短信...
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收集細(xì)胞注釋marker（持續(xù)更新）
"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells": ["CD3D", "CD3E...
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scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心繪圖功能學(xué)習(xí)資料來源：scanpy主頁：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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pySCENIC下游可視化（python版本）
Python版SCENIC轉(zhuǎn)錄因子分析（四）一文就夠了-騰訊云開發(fā)者社區(qū)-騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/develo...
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pySCENIC使用--代碼純享版
我這里的scRNA-seq前期是用scanpy做的，所以首先用scanpy把pySCENIC需要的信息導(dǎo)出來。 接下來用pySCENIC進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子分析。
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monocle2的使用monocle2和monocle3的基本原理是一樣的，詳見monocle3系列之七：總結(jié) - 簡書 (jianshu.com)[http://m.itdecent.cn...
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R包的安裝方法都總結(jié)在這兒了！
在線安裝 1）CRAN的包 R的官方包倉庫（Comprehensive R Archive Network, CRAN）提供了大量的開源R包，使用install.packag...
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monocle3系列之七：總結(jié)
monocle3系列之六：共調(diào)控基因模塊 - 簡書 (jianshu.com)[http://m.itdecent.cn/p/ca50288a8684]monocle3...
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monocle3系列之六：共調(diào)控基因模塊一旦找到了感興趣的差異基因，Monocle可以將它們分組為module。通過調(diào)用find_gene_modules()函數(shù)，在基因（而不是細(xì)胞）上運行UMAP，然后使用Lou...
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monocle3系列之五：差異基因分析
monocle中有兩種差異分析模型： Regression analysis: using fit_models(), you can evaluate whether ea...
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monocle3系列之四：構(gòu)建軌跡
在發(fā)育過程中、對刺激的反應(yīng)以及整個生命過程中，細(xì)胞會從一種功能狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N狀態(tài)。處于不同狀態(tài)的細(xì)胞表達(dá)不同的基因組，產(chǎn)生動態(tài)的蛋白質(zhì)和代謝物庫以完成其功能。當(dāng)細(xì)胞在狀態(tài)之...
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monocle3系列之三：聚類這里使用官方提供的示例數(shù)據(jù)進(jìn)行繼續(xù)講解，首先載入所需要的數(shù)據(jù)： 1）數(shù)據(jù)預(yù)處理 這一步的目的主要是對數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和去除批次效應(yīng)。 如果你不確定num_dim填多少，可以先畫個圖...
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monocle3系列之二：數(shù)據(jù)載入
monocle3能實現(xiàn)的功能主要包括3個： Clustering, classifying, and counting cells. Constructing single-...
