Seurat的beta version支持Space Ranger cell segmentation data的讀取,首先安裝R包seurat和seurat-object ...
Seurat的beta version支持Space Ranger cell segmentation data的讀取,首先安裝R包seurat和seurat-object ...
在使用Seurat時,經(jīng)常需要對不同分類的樣本在同一畫布上進(jìn)行可視化,可以非常方便地通過其DimPlot()函數(shù)的goupyby和spliby等參數(shù)實現(xiàn),例如對照組和實驗組,...
@歡lh 人的
收集細(xì)胞注釋marker(持續(xù)更新)"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells": ["CD3D", "CD3E...
TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3],...
最近在登陸github的時候,總是跳出下面這個界面: 強制要求2FA驗證,否則上不了github。驗證方式可以有以下幾種: 比較坑的一點是,github并沒有提供中國區(qū)的短信...
"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells": ["CD3D", "CD3E...
學(xué)習(xí)資料來源:scanpy主頁:https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
Python版SCENIC轉(zhuǎn)錄因子分析(四)一文就夠了-騰訊云開發(fā)者社區(qū)-騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/develo...
我這里的scRNA-seq前期是用scanpy做的,所以首先用scanpy把pySCENIC需要的信息導(dǎo)出來。 接下來用pySCENIC進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子分析。
monocle2和monocle3的基本原理是一樣的,詳見monocle3系列之七:總結(jié) - 簡書 (jianshu.com)[http://m.itdecent.cn...
在線安裝 1)CRAN的包 R的官方包倉庫(Comprehensive R Archive Network, CRAN)提供了大量的開源R包,使用install.packag...
monocle3系列之六:共調(diào)控基因模塊 - 簡書 (jianshu.com)[http://m.itdecent.cn/p/ca50288a8684]monocle3...
一旦找到了感興趣的差異基因,Monocle可以將它們分組為module。通過調(diào)用find_gene_modules()函數(shù),在基因(而不是細(xì)胞)上運行UMAP,然后使用Lou...
monocle中有兩種差異分析模型: Regression analysis: using fit_models(), you can evaluate whether ea...
在發(fā)育過程中、對刺激的反應(yīng)以及整個生命過程中,細(xì)胞會從一種功能狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N狀態(tài)。處于不同狀態(tài)的細(xì)胞表達(dá)不同的基因組,產(chǎn)生動態(tài)的蛋白質(zhì)和代謝物庫以完成其功能。當(dāng)細(xì)胞在狀態(tài)之...
這里使用官方提供的示例數(shù)據(jù)進(jìn)行繼續(xù)講解,首先載入所需要的數(shù)據(jù): 1)數(shù)據(jù)預(yù)處理 這一步的目的主要是對數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和去除批次效應(yīng)。 如果你不確定num_dim填多少,可以先畫個圖...
monocle3能實現(xiàn)的功能主要包括3個: Clustering, classifying, and counting cells. Constructing single-...