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scATAC-seq數(shù)據(jù)分析流程---以PBMC數(shù)據(jù)為例本教程中，我們將分析10x Genomics提供的人類外周血單核細胞（PBMC）單細胞ATAC測序數(shù)據(jù)集。本教程使用以下文件，均可在10x Ge...
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scATAC-seq數(shù)據(jù)分析流程
在本教程中，我們將分析由10x Genomics 官網提供的人類外周血單核細胞（PBMCs）的單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)集。本指南中使用的以下文...
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空間轉錄組分析工具——Stereopy
Stereopy 是一個基礎且全面的工具，用于基于空間轉錄組學數(shù)據(jù)（如 Stereo-seq，即空間增強分辨率組學測序數(shù)據(jù)）進行數(shù)據(jù)挖掘和可視化...
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“單細胞空間轉錄組”數(shù)據(jù)分析真的實現(xiàn)“單細胞”了嗎？如果你關注過近兩年的生命科學進展，一定聽過“空間轉錄組”這個熱詞。這項技術被譽為繼單細胞測序之后的又一革命性突破，被《Nature Method...
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將.h5ad轉換成Seurat可識別格式
很多時候從數(shù)據(jù)庫下載的處理過的各種單細胞數(shù)據(jù)格式都是.h5ad或者.h5。本篇內容就先給一個處理.h5ad文件的腳本。 讀取文件，并查看文件包括...
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Stero_seq單細胞處理工具cellbin2使用
很久沒有這么大體量的搞過數(shù)據(jù)了。最近在整理cellbin，真的整的我心累。 一般情況下是直接創(chuàng)建conda 環(huán)境，然后寫一大堆模型和函數(shù)，你在這...
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安裝一個jupyter所有環(huán)境可以共用
在base環(huán)境下安裝 jupyter lab或者 notebook在創(chuàng)建的不同環(huán)境中使用ipykernel就可以了。 下面是一個例子：1、在ba...
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steropy安裝使用
安裝 安裝jupyter lab 即可然后詳細學習官網上的流程即可。
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在不同環(huán)境下使用trackpy
直接打開 moniconda 使用 conda install 安裝了trackpy package。 那么我就是安裝在了base環(huán)境下面。...