1：在線構(gòu)建RAxML樹 1. CIPRES網(wǎng)站： CIPRES Science Gateway V3.3[http://www.phylo.org/index.php/po...
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在線和本地兩種方法構(gòu)建 RAxML 進(jìn)化樹方法和解讀 -
【ProteoWizard MSConvert】質(zhì)譜文件格式簡介及其轉(zhuǎn)換質(zhì)譜格式 質(zhì)譜文件格式多種多樣，各儀器廠商產(chǎn)出的數(shù)據(jù)都有不同。雖然HUPO已經(jīng)對質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行了標(biāo)準(zhǔn)化，但大家依然是我行我素，因為不得不用它們提供的軟件，而不同的軟件會要求不同...
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使用EGGNOG-Mapper對非模式物種快速進(jìn)行GO或KEGG注釋對于非模式物種，需要做GO或KEGG富集，可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來對你的物種序列進(jìn)行快速注釋。在注釋結(jié)果文件中，可以同時獲得序列映射上的GO號或KO號，直接提...
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miniconda的常用命令匯總
寫這個的目的主要是年紀(jì)大了，老是記不住命令行，索性整理下來，忘了就不用滿世界找了。 和channels有關(guān)的命令 查看已經(jīng)添加的channels 增加channels 有時候...
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Linux下miniconda的安裝使用
Anaconda與Miniconda的區(qū)別 Anaconda是一個打包的集合器皿，里面預(yù)裝好了conda、某個版本的python、眾多packages、科學(xué)計算工具等等，所以...
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如何區(qū)分基因的顯性效應(yīng)(Dominance effect)和上位性效應(yīng)(Epistatic effect)基因的上位性效應(yīng)和顯性效應(yīng)聽名字就覺得挺繞的，聽起來就是一個基因?qū)α硪粋€基因的壓制效果，網(wǎng)上的介紹看起來云里霧里，還搬來染色體，標(biāo)記的性狀，感覺更加復(fù)雜了。 基因的顯性效應(yīng) ...
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建立者效應(yīng)(founder effect)和瓶頸效應(yīng)(bottleneck effect)我對種群遺傳學(xué)這塊一直不太熟悉，奈何實驗室中經(jīng)常有需要涉及到種群進(jìn)化這塊的內(nèi)容，所以以下的這塊介紹，大抵將給我自己聽的。 建立者效應(yīng) 建立者效應(yīng)是指少數(shù)個體的基因頻率決定了他...
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基因的可變剪切(alternative splicing)和蛋白異構(gòu)體(Protein isoform)寫這個文章的原因是因為我在用Trinity組裝轉(zhuǎn)錄組的時候，除去軟件的原因，在生物體內(nèi)有很多的可變剪切現(xiàn)象，定義就是一個mRNA前提可以通過不同的內(nèi)含子出去方式獲得成熟的mR...
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如何用fasq-dump解壓SRA文件
之前介紹了如何安裝sratoolkit, 可以看我之前寫的簡書http://m.itdecent.cn/p/188df05615c7[https://www.jians...
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fastq格式，如何快速計算fasta, fastq的reads數(shù)？
FASTQ fastq格式是一種基于文本的存儲生物序列和對應(yīng)堿基或者氨基酸質(zhì)量的文件格式，最初由桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute[h...
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線粒體組裝軟件(2) NOVOPlasty
NOVOPlasty是一個小型環(huán)狀基因組的軟件，這意味著這個軟件可以組裝線粒體基因組和葉綠體基因組。這個軟件是一個perl的腳本，直接就可以運(yùn)行，軟件需要一個seed序列，我...
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如何區(qū)分直系同源(Orthologs)和旁系同源(Paralogs)？做進(jìn)化的總是免不了區(qū)分直系同源和旁系同源，還有一個同源基因，我剛接觸進(jìn)化的時候經(jīng)常搞不懂這三貨，好在我老板不嫌我笨，兩遍三遍超有耐心的教，有老板筆記為證 先看定義吧，直系同源...
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如何用prefetch下載轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)？SRAtoolkit套件中提供了prefetch命令用于下載SRA文件，下面就介紹下怎么樣下載和使用： 選擇合適的壓縮包 我們先進(jìn)入ncbi的官網(wǎng) https://www.n...
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線粒體DNA結(jié)構(gòu)和組成線粒體DNA的結(jié)構(gòu) 線粒體的DNA（mitogenome）是獨(dú)立于細(xì)胞核染色體之外的基因組，它具有獨(dú)立的自我復(fù)制，轉(zhuǎn)錄和編碼的功能。一般中的線粒體基因組較小，為10-39kb...
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線粒體組裝軟件（1）Mitofinder
軟件介紹 聽名字就可以猜出來Mitofinder是一個專門用于組裝線粒體基因組的軟件，該軟件運(yùn)行于liunx平臺，不僅可以用于組裝線粒體的基因組還可以用于注釋線粒體基因組，不...
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測序深度和測序覆蓋度，怎么估算？在我們開始測序之前，經(jīng)常會被問道，你需要的測序深度和測序覆蓋度的概念，比如在測序線粒體的DNA時候，測序小哥就問說1個G的數(shù)據(jù)量夠了嗎？下面就給大家解釋下這兩個概念： 測...
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您好，我在Sleuth_fit時候，出現(xiàn)報錯信息，請問是什么意思怎么解決呢：4 NA values were found during variance shrinkage estimation due to mean observation values outside of the range used for the LOESS fit.
The LOESS fit will be repeated using exact computation of the fitted surface to extrapolate the missing values.
These are the target ids with NA values: PPYR_00001-PA, PPYR_03317-PA, PPYR_05506-PA, PPYR_11147-PA
謝謝。RNA-seq無比對直接定量(Kallisto - sleuth流程)
RNA-seq數(shù)據(jù)下載 數(shù)據(jù)來自文獻(xiàn)：An RNA-Seq transcriptome and splicing database of neurons, glia, and...
