IP屬地：河北
-
Ubuntu Server安裝及配置下載準(zhǔn)備 UltraISO下載，Ubuntu Server iso下載 啟動盤制作 啟動UltraISO，打開Ubuntu iso文件，寫入硬盤...
-
RNA-seq無比對直接定量(Kallisto - sleuth流程)RNA-seq數(shù)據(jù)下載 數(shù)據(jù)來自文獻(xiàn)：An RNA-Seq transcriptome and splicing database of neu...
-
Reanalysis of mouse ENCODE mRNA-seq前言 ENCODE項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)發(fā)表在PNAS上的文章表示：通過數(shù)據(jù)分析基因的表達(dá)水平在同一個(gè)物種不同組織間的相似性比不同物種的相同組織還要高。這與之...
-
轉(zhuǎn)錄組入門(8)： 差異基因結(jié)果注釋前言 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因?yàn)轱@著差異表達(dá)基因集，對這個(gè)基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗(yàn)分析。然...
-
轉(zhuǎn)錄組入門(7)： 差異基因分析前言 轉(zhuǎn)錄組入門(7)： 差異基因分析這個(gè)步驟推薦在R里面做，載入表達(dá)矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析，當(dāng)然也可以走走e...
-
轉(zhuǎn)錄組入門(6)： reads計(jì)數(shù)前言 實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門請統(tǒng)一用htseq-count，對每個(gè)樣本都會輸出一個(gè)表達(dá)量文件。需要用腳本...
-
轉(zhuǎn)錄組入門(5)： 序列比對前言 比對軟件很多，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T，請統(tǒng)一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主頁下載index文件...
-
轉(zhuǎn)錄組入門(3)：了解fastq測序數(shù)據(jù)前言 來源還是生信技能樹。 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測序文件，并且用fastqc軟件測試測序文件的質(zhì)...
-
轉(zhuǎn)錄組入門(2)：讀文章拿到測序數(shù)據(jù)前言 本課程來源于生信技能樹。 本系列課程學(xué)習(xí)的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffoldin...