網(wǎng)頁上關(guān)于GSEA富集分析的教程很多，對(duì)自己這個(gè)生信小白來說比較簡單通俗易懂的當(dāng)數(shù)生信寶典和生信技能樹的教程了。感謝大佬們的付出。下面是自己整理的個(gè)人學(xué)習(xí)筆記，可能有理解不對(duì)...
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GSEA相關(guān)筆記整理 -
Seurat：計(jì)算cluster的細(xì)胞比例和繪制堆疊條形圖
計(jì)算各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù)； table(Idents(pbmc)) 定義對(duì)應(yīng)每個(gè)cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞類型，也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)胞類型，計(jì)算每個(gè)細(xì)胞類型的細(xì)胞...
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StatQuest生物統(tǒng)計(jì)學(xué)專題學(xué)習(xí)
里面有介紹文檔以及所有下載的視頻。感謝生信菜鳥團(tuán)組織人員的付出。 鏈接：https://pan.baidu.com/s/1ox9e3mEr37iDMUch9oj79Q 密碼：...
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻(xiàn)你的文字，無論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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celaref ||單細(xì)胞細(xì)胞類型定義工具Sarah Williams (2019). celaref: Single-cell RNAseq cell cluster labelling by reference....
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Seurat （v3.0）object的結(jié)構(gòu)組成assay的slots主要有6個(gè)： counts：主要是 counts或者TPKM的raw data，未經(jīng)normalized data：是經(jīng)過normalized的表達(dá)矩陣...
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如何將Seurat3.0版本的object轉(zhuǎn)換為monocle的CDS
之前Monocle2直接輸入Seurat object只適用于Seuratv2.0版本的Seurat object。官方也在github上的issue處表明暫時(shí)還未有直接將S...
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monocle常用命令總結(jié)
Monocle是單細(xì)胞分析的常用R包之一，可進(jìn)行細(xì)胞類型鑒定、差異表達(dá)、偽時(shí)間分析等。 1.安裝Monocle 支持環(huán)境R3.4以上版本 獲取Mnonocle： 先安裝Bio...
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找出cluster的差異基因并進(jìn)行GO和KEGG分析
單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)Seurat包tsne降維聚類后，得到cluster，如何找出cluster的marker并進(jìn)行GO、KEGG分析 需要R包：Seurat、clusterPr...
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week2：Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells U...C1和C2代表表達(dá)Nr2f2的前體細(xì)胞 C1:代表早期前體細(xì)胞，來源于 E10.5 ~E13.5的性腺體細(xì)胞，主要表達(dá)標(biāo)志物Nr2f1，在XY的性腺早期前體細(xì)胞也表達(dá) C2:...
