多歧為貴，不取茍同 我曾在之前的一片文章里說過：如果神能滿足我的一個愿望，那大概是我當(dāng)著他（她）的面，把紅樓夢的后半部分讀完了。有一天，我騎著自行車，腦袋又開始幻想這件事，沒...
發(fā)簡信
IP屬地：西藏
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對紅樓夢各種聲音的整理(專題持續(xù)更新中) ——序
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共系統(tǒng)發(fā)育分析發(fā)現(xiàn)自己得了拖延癥晚期，只有在簡書里寫出來，才能有動力去學(xué)習(xí)。 Nothing in biology makes sense except in the light of e...
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excel的小技巧集合下面的內(nèi)容是根據(jù)知乎上一篇帖子實(shí)踐整理的，感謝原主。 在excel里面怎么把一列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為幾行幾列的表格？ 如果是一列數(shù)據(jù)（1-18) 轉(zhuǎn)化為多行多列(比如3行6列)，先填滿...
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mcmctree進(jìn)行分化時間的估算以下內(nèi)容參考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html、前研究組師妹的總結(jié)資料和MCMCTree tutorial...
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貝葉斯法進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析（2）分布的思想以下內(nèi)容非原創(chuàng)， 來自Sam Houston State University 的 Christopher Randle教授來組上交流時的材料翻譯。本人翻譯和學(xué)術(shù)能力有限，僅...
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linux系統(tǒng)批量修改文件名的方法
返回的測序文件的文件名比較長，如何進(jìn)行簡化？ 比如文件名為F397_L3_110A10.R1.fastq.gz，想要改為F397.R1.fastq.gz 使用循環(huán)： for ...
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昆蟲分類學(xué)講習(xí)班第一講 線粒體基因組淺談以下是對宋凡老師（中國農(nóng)業(yè)大學(xué)）講座的筆記和個人總結(jié) 1 線粒體基因組是什么？ 線粒體是重要細(xì)胞器，主要功能是生物供能。 線粒體基因組為雙鏈環(huán)狀DNA，其作為分子標(biāo)記的優(yōu)點(diǎn)包...
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物種搜索網(wǎng)站
記錄一下自己用過的，和別人推薦的物種信息的檢索網(wǎng)站： 生物 Discover Life: https://www.discoverlife.org/ 植物 Plants of...
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@清暮微涼 這里的二代數(shù)據(jù)就是全基因組數(shù)據(jù)，可以組裝出線粒體，
線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）
之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經(jīng)歷，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）。 這里的二代測序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測序數(shù)據(jù)，因?yàn)槿~綠體和線粒體是多拷貝的，...
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線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）
之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經(jīng)歷，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）。 這里的二代測序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測序數(shù)據(jù)，因?yàn)槿~綠體和線粒體是多拷貝的，...
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這個是翻譯的國外一位教授的課件，不是原創(chuàng)哈。進(jìn)度很慢，因?yàn)楹竺娴牟糠肿约阂矝]有讀懂。收了贊賞和兩個幣，感覺被激勵了，你有沒有為了兩個幣拼過命??
貝葉斯法進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析（1）貝葉斯思想
以下內(nèi)容非原創(chuàng)， 根據(jù)Sam Houston State University 的 Christopher Randle教授來組上交流時的材料翻譯。本人翻譯和學(xué)術(shù)能力有限，僅...
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細(xì)胞器基因組的組裝和注釋（Getorganelle ）之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經(jīng)歷，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）。 用到的軟件為Getorganelle和Mitofinder，這里先介紹Ge...
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HYphy
Hyphy的官網(wǎng):https://www.hyphy.org/about/ Hyphy(Hypothesis Testing using Phylogenies)是一個通過系...
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codeml的理論和實(shí)踐最近被數(shù)據(jù)分析虐的死去活來，好難。 參考文獻(xiàn)： Likelihood ratio tests for detecting positiveselection and appl...
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@冰冰化了 是partitionfinder得出來的best_scheme.txt文件中Raxml相關(guān)的部分，詳見http://m.itdecent.cn/p/1a0214ef79a7
RAxML建最大似然樹教程（Linux）
RAxML最新的幫助手冊下載網(wǎng)址： https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclki...
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RAxML建最大似然樹教程（Linux）
RAxML最新的幫助手冊下載網(wǎng)址： https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclki...
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Anaconda的安裝和使用（Linux系統(tǒng)）
1 安裝Miniconda #下載安裝包 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x...
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NCBI上下載SRA數(shù)據(jù)以下內(nèi)容主要參考了簡書教程：http://m.itdecent.cn/p/0694fcb77157 什么是 SRA？ sra數(shù)據(jù)就是NCBI網(wǎng)站上能夠下載到的二代測序的...
