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單細胞轉(zhuǎn)錄組鑒定腫瘤細胞：CopyKAT和InferCNV如何區(qū)分腫瘤微環(huán)境中的正常細胞和惡性細胞，相信是每個腫瘤單細胞研究者非常關注的問題。這兒我們介紹兩個單細胞CNV分析的軟件，一個是2021年1月...
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單細胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多專題應該已經(jīng)講過SCENIC的使用，這兒，針對我自己對SCENIC的學習使用，遇到的問題做一個詳細的講解說明，希望能對大家理解學習應用S...
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單細胞輔助注釋工具-SingleR很多做單細胞的研究者都提出過這個問題，是否有直接的功能能對單細胞直接進行注釋，而不是繁瑣的參看文獻，搜索marker，人為對單細胞進行注釋。單細...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細胞分析中相當重要. 功能分析的方法很...
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單細胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy-多樣本整合和Seurat一樣，Scanpy也提供了多樣本空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en...
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單細胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat-多樣本整合（淺談空間批次）單細胞空間轉(zhuǎn)錄組和單細胞分析類似，不可避免的會遇到多樣本的問題，這就需要使用多樣本整合分析策略Seurat提供了多張切片（slices）整合分析...
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單細胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合，對于癌癥、免疫、腫瘤免疫相互作用，組織微環(huán)境，神經(jīng)和發(fā)育等領域，有著令人期待的應用前景。 單細胞的一切分析，加...
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單細胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合，對于癌癥、免疫、腫瘤免疫相互作用，組織微環(huán)境，神經(jīng)和發(fā)育等領域，有著令人期待的應用前景。 而作為單細胞轉(zhuǎn)錄組必...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 樣本整合分析處理單細胞不可避免的一個問題就是樣本整合問題。那如何將不同器官，不同測序平臺，不同物種之間的單細胞數(shù)據(jù)進行整合分析呢？Scanpy使用pytho...