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SNP數(shù)據(jù)構(gòu)建系統(tǒng)進化樹大概是長期的不鍛煉使得今天的爬山運動過量了，接著悲劇就是無法入眠。也幸虧明天是周日，干脆就起床碼字了?？偨Y(jié)下自己前面用snp構(gòu)建系統(tǒng)進化樹的方法吧。 1.構(gòu)建進化樹的算法 構(gòu)...
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困擾的batch effect一、什么是批次效應(yīng) 批次效應(yīng)（batch effect），表示樣品在不同批次中處理和測量產(chǎn)生的與試驗期間記錄的任何生物變異無關(guān)的技術(shù)差異。批次效應(yīng)是高通量試驗中常見的變異來源...
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遺傳學(xué) 博士
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比起原文少了些關(guān)鍵的判斷，建議看原文
R語言機器學(xué)習(xí)-caret
介紹 caret包（Classification and Regression Training）是一系列函數(shù)的集合，它試圖對創(chuàng)建預(yù)測模型的過程進行流程化。本系列將就數(shù)據(jù)預(yù)處...
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methylKit 統(tǒng)計方法
methylKit可以用來尋找DMR/DMC，其統(tǒng)計方法如下： logistic regression Fisher exact test 有重復(fù)時methylKit調(diào)用 l...
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GSEA相關(guān)筆記整理網(wǎng)頁上關(guān)于GSEA富集分析的教程很多，對自己這個生信小白來說比較簡單通俗易懂的當(dāng)數(shù)生信寶典和生信技能樹的教程了。感謝大佬們的付出。下面是自己整理的個人學(xué)習(xí)筆記，可能有理解不對...
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Gene body甲基化
開花植物中可根據(jù)甲基化富集的區(qū)間將基因分為五類： UM（umethylated genes）在gene body上三種甲基化context都不富集 gbM（gene body...
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搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列在準(zhǔn)備NGS文庫的時候，會有用到轉(zhuǎn)座酶Tn5，Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到這個Tn5。轉(zhuǎn)座酶攜帶有特...
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使用 edgerTMM 算法對 bw 文件的均一化并且根據(jù) bigwig 文件和候選區(qū)域 bed 文件用 R 繪制熱圖鏈接來源 一切版權(quán)來源參考鏈接：此處只是用來記錄和不能出去的情況。 Tutorial: Normalization of BigWig files using TMM fro...
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什么時候可以畢業(yè)?_?
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轉(zhuǎn)座子的基本概念了解分類 轉(zhuǎn)座元件，是一種跳躍基因，是指一段DNA序列由基因組的一個位置跳躍到另一個位置，由Barbara McClintock教授在大約五十年前發(fā)現(xiàn)。轉(zhuǎn)座子主要包含兩種類型：一...
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我不知道，自己可以走多遠(yuǎn)；但不努力奔跑，一定走不遠(yuǎn)1. 昨天在圖書館，被坐在對面的留學(xué)生問：“are you tired?” 聽到這個問題的那一瞬間，我竟不知道怎么去回答。 可能在旁觀者的他看來，這個女生已經(jīng)將近半個月都沒有...
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植物：<br>細(xì)胞遺傳<br>系統(tǒng)進化<br>wudandan90@163.com
