寫在前面 什么時(shí)候?qū)?csvtk 呀，csvtk 也借鑒了些 datamash 的東西。 之前寫 datamash 的使用教程，收到了一位讀者的私信，內(nèi)容如上。 話說這位讀者...
IP屬地：臺(tái)灣
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csvtk: 命令行版極簡dplyr -
解決 Stringtie 基因重復(fù)定量的意外收獲說明：因?yàn)槠脚_(tái)限制和平臺(tái)廣告等原因，今后的文章將不在簡書更新，請(qǐng)移步并訂閱個(gè)人博客 說明：因?yàn)槠脚_(tái)限制和平臺(tái)廣告等原因，今后的文章將不在簡書更新，請(qǐng)移步并訂閱個(gè)人博客 說明：...
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@風(fēng)吹過94 Bam文件，Sashimi plot
轉(zhuǎn)錄組入門(6)： reads計(jì)數(shù)
前言 實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。需要用腳本合并所有的樣本為表達(dá)矩陣。參考...
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R里面怎么把%uxxx中的%u替換為\u
「答果子問」R語言如何提取特定的字符串
R語言如何提取特定的字符串 這個(gè)帖子是為了果子的一個(gè)提問 R語言能不能實(shí)現(xiàn)匹配括號(hào)里面的內(nèi)容, 但是不包括括號(hào) 這個(gè)問題來自于他的一篇帖子有些GEO平臺(tái)的探針轉(zhuǎn)換比較麻煩, ...
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本號(hào)停更
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ChIP-seq分析全記錄
一、背景知識(shí) CHIP-seq染色體免疫共沉淀技術(shù)。是研究==細(xì)胞內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)互作==就是將chip實(shí)驗(yàn)得到的dna拿來測(cè)序，再進(jìn)行下游分析。關(guān)鍵在于Chip實(shí)驗(yàn)。 Ch...
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Ubuntu Server安裝及配置下載準(zhǔn)備 UltraISO下載，Ubuntu Server iso下載 啟動(dòng)盤制作 啟動(dòng)UltraISO，打開Ubuntu iso文件，寫入硬盤映像 其他選項(xiàng)默認(rèn)，便捷啟動(dòng)里...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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RNA-seq無比對(duì)直接定量(Kallisto - sleuth流程)RNA-seq數(shù)據(jù)下載 數(shù)據(jù)來自文獻(xiàn)：An RNA-Seq transcriptome and splicing database of neurons, glia, and...
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Reanalysis of mouse ENCODE mRNA-seq前言 ENCODE項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)發(fā)表在PNAS上的文章表示：通過數(shù)據(jù)分析基因的表達(dá)水平在同一個(gè)物種不同組織間的相似性比不同物種的相同組織還要高。這與之前的觀念完全相悖，不同物種里主...
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轉(zhuǎn)錄組入門(8)： 差異基因結(jié)果注釋前言 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因?yàn)轱@著差異表達(dá)基因集，對(duì)這個(gè)基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗(yàn)分析。然后把表達(dá)矩陣和分組信息分別作出...
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轉(zhuǎn)錄組入門(7)： 差異基因分析前言 轉(zhuǎn)錄組入門(7)： 差異基因分析這個(gè)步驟推薦在R里面做，載入表達(dá)矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的voo...
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轉(zhuǎn)錄組入門(6)： reads計(jì)數(shù)前言 實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。需要用腳本合并所有的樣本為表達(dá)矩陣。參考...
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轉(zhuǎn)錄組入門(5)： 序列比對(duì)前言 比對(duì)軟件很多，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T，請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主頁下載index文件即可，然后把fastq格式的r...
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轉(zhuǎn)錄組入門(3)：了解fastq測(cè)序數(shù)據(jù)前言 來源還是生信技能樹。 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測(cè)序文件，并且用fastqc軟件測(cè)試測(cè)序文件的質(zhì)量！作業(yè)，理解測(cè)序reads，...
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轉(zhuǎn)錄組入門(2)：讀文章拿到測(cè)序數(shù)據(jù)前言 本課程來源于生信技能樹。 本系列課程學(xué)習(xí)的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA ...
