首先制作bed格式的文件包含基因組全部的外顯子區(qū)域坐標(biāo)如下： 從vcf文件中提取位于exon區(qū)域的變異位點(diǎn)
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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從vcf文件提取exon中的snp和Indel
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配對(duì)樣本基因表達(dá)趨勢(shì)：優(yōu)化前后的散點(diǎn)連線圖+拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第三個(gè)實(shí)例操作 【ggplot2的基本思路見(jiàn)前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)的歸一化/標(biāo)準(zhǔn)化處理1.前言 目的：調(diào)整由于技術(shù)，如處理、上樣、預(yù)分、儀器等造成的樣本間誤差。這實(shí)際上是一種數(shù)據(jù)縮放的方法。一般在一個(gè)表達(dá)矩陣中，會(huì)涉及到多個(gè)樣本，其表達(dá)量差異比較大，不能直接進(jìn)...
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基因功能富集方法和基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù)介紹1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過(guò)表達(dá)分析ORA、功能分類打分FCS、基于同路拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)PT和基于網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)NT和基因富集分析GSEA。...
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使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫(xiě)的R包，看過(guò)了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無(wú)法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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文獻(xiàn)閱讀筆記：CUT&RUN這篇文獻(xiàn)閱讀筆記比較長(zhǎng)，屬于CUT&RUN比較早的一篇綜述了。是2017年發(fā)表在eLife上的。這篇文章通過(guò)把CUT&RUN與ChIP等方法從各個(gè)方面進(jìn)行了比較，詳細(xì)的說(shuō)明了...
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DESeq2差異分析十全大補(bǔ)使用筆記寫(xiě)在前面：新手老菜鳥(niǎo)，個(gè)人心得，不足之處歡迎交流指正；寫(xiě)作不易，轉(zhuǎn)載前請(qǐng)聯(lián)系我征得同意，謝謝。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
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相關(guān)性熱圖關(guān)于相關(guān)性，表示數(shù)據(jù)之間的相互依賴關(guān)系。但需要注意，數(shù)據(jù)具有相關(guān)性不一定意味著具有因果關(guān)系。 相關(guān)性在組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘中應(yīng)用非常廣，如樣本的重復(fù)檢驗(yàn)、基因的共表達(dá)分析、微生物群落...
