功能基因組學（Functional genomics）是對基因組中基因與基因間區(qū)域如何參與不同生物學過程的研究。在實際過程中，我們經常從“全基因組”角度（即包含所有或多個基因...
發(fā)簡信
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基因組CRISPR序列及Cas酶預測原文鏈接：基因組CRISPR序列及Cas酶預測[https://mp.weixin.qq.com/s/ayOydVsG44Fdl41Uyuja4w] 01CRISPR簡介 C...
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Iqtree2：新模型高效構建系統(tǒng)發(fā)育樹
系統(tǒng)發(fā)育推斷（phylogenetic inference）的算法五花八門，從最簡單的UPGMA法，到鄰接法（neighbor joining）、最大簡約法（maximum ...
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關于生物進化，研究者們存在哪些分歧？
關于生物進化目前最大的爭議是什么？ 原文鏈接：關于生物進化，研究者們存在哪些分歧？ 距離達爾文《物種起源》一書問世已經160多年了，然而毫無疑問的是，生物進化仍是有待解決的最...
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基因組相似性計算：ANI
在比較基因組分析中，我們經常需要分析不同基因組之間的進化關系，例如我們可以使用標記蛋白來構建系統(tǒng)發(fā)育樹。為了進行定量的比較，我們還可以計算不同基因組之間的相似性或者進化距離，...
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神秘的細菌基因組：GC skew
科學就是整理事實，以便從中得出普遍的規(guī)律和結論。from 達爾文 原文鏈接： 每當我們拼接出一個完整的細菌基因組時，總是迫不及待地畫出它的圖譜，一個常見的細菌基因組圖譜如下所...
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組間差異分析：Metastats
文章來自公眾號：微生態(tài)與微進化 Anosim、Adonis、MRPP等基于群落的組間差異分析可以快速的對分組的有效性進行評估。然而，有時候我們還想進一步知道不同區(qū)組的微生物群...
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微生物群落展示：要酷酷的云字體！原文：微生物群落展示：要酷酷的云字體！ 每當你需要展示微生物的群落結構 你是不是已經厭倦了 無休止的條形圖和熱圖 想不想要更大膽前衛(wèi)的展示方式？ 沒錯，它就是云字體！ 云字體...
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組間差異分析：Anosim無論是野外環(huán)境樣品，還是室內試驗樣品，一般我們都會設置樣方或平行樣來增強分析的準確性，必要時還會進行區(qū)組設計，因此在數(shù)據(jù)分析中需要進行組間差異的比較判別。然而對于微生物群落數(shù)...
