使用軟件SMRTlink 9轉(zhuǎn)換。 PacBio官網(wǎng)下載SMRTlink 9， https://downloads.pacbcloud.com/public/software...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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pacbio 的bam文件轉(zhuǎn)成fasta文件
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MEME Motif分析的并行運(yùn)算
MEME 安裝 我的一些基本環(huán)境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依賴 / MPICH安裝 若需要并行計(jì)算的話，在安裝MEME之前，需要...
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沒(méi)有遇到這種情況哦
AlphaFold 3-PyMOL可視化
1. 軟件安裝 AlphaFold 3分析網(wǎng)站(需要梯子和谷歌賬號(hào))：https://golgi.sandbox.google.com/about[https://golgi...
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你好，請(qǐng)問(wèn).lk文件是怎么獲得的？
計(jì)算重組率軟件LDhat，CPLDhat，Phase，Mlrho對(duì)比
結(jié)論 LDhat 詳細(xì)用法，及切分文件程序，摸我 命令行示例 $LDhat_DIR/interval -seq chrA01_1.site -loc chrA01_1.loc...
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AlphaFold 3-PyMOL可視化1. 軟件安裝 AlphaFold 3分析網(wǎng)站(需要梯子和谷歌賬號(hào))：https://golgi.sandbox.google.com/about[https://golgi...
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GFF文件轉(zhuǎn)換Genbank文件及Mauve多序列比對(duì)前言 有很多軟件都可以完成gff文件到genbank文件的轉(zhuǎn)換，如腳本：https://github.com/chundruv/GFF-to-GenBank[https://...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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「生信」共線性分析——MCScanX目錄MCScanX下載及安裝數(shù)據(jù)準(zhǔn)備MCScanX運(yùn)行及結(jié)果Ka & Ks 計(jì)算下游畫圖腳本最后 MCScanX有兩個(gè)主要的功能, 一是, 方便使用者發(fā)現(xiàn)共線性(collin...
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檢查自己的數(shù)據(jù)框
GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）
導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說(shuō)BAX、BID、ABL1、...
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按柱子大小排就是根據(jù)gene ratio的順序，在kegg那里寫了排序，把根據(jù)p值排序換成根據(jù)gene ratio排序是一樣的。
GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）
導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說(shuō)BAX、BID、ABL1、...
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@糖糖婆婆 scale_colour_gradient(low = "blue",high = "red")+ 把代碼中的顏色改成你想要的顏色代碼就可以
GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）
導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說(shuō)BAX、BID、ABL1、...
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文中我的代碼是根據(jù)p值排序，想要根據(jù)count數(shù)排序，就在畫圖前將矩陣按照Count數(shù)排列后再畫。代碼：KEGG_dataset <- arrange(KEGG_dataset,desc(Count))
GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）
導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說(shuō)BAX、BID、ABL1、...
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先檢查你的輸入文件是不是有誤，另外代碼要根據(jù)自己的數(shù)據(jù)情況進(jìn)行調(diào)整，不是什么都不改就能用的。
GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）
導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說(shuō)BAX、BID、ABL1、...
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從david網(wǎng)站點(diǎn)擊下載文件，然后會(huì)彈出一個(gè)結(jié)果頁(yè)面，全選后 復(fù)制，在記事本里粘貼并存為txt文件，然后用excel打開整理
GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）
導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說(shuō)BAX、BID、ABL1、...
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主成分分析（PCA）& 主坐標(biāo)分析（PCoA）——R包繪圖（2D/3D散點(diǎn)圖）導(dǎo)讀 主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)，也稱主分量分析或主成分回歸分析法，是一種無(wú)監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法。PCA通過(guò)線性變換將原始...
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R包的繪圖代碼都在里面呀
GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）
導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說(shuō)BAX、BID、ABL1、...
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GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說(shuō)BAX、BID、ABL1、...
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16s—β多樣性分析（R畫三維PCoA圖）一、β多樣性分析的概念 Beta多樣性指的是樣本間多樣性。在腸道菌群分析中，Beta多樣性是衡量個(gè)體間微生物組成相似性的一個(gè)指標(biāo)。通過(guò)計(jì)算樣本間距離可以獲得β多樣性計(jì)算矩陣，...
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群體遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)指標(biāo)——群體間分歧度檢驗(yàn)（Fst）基本概念 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認(rèn)為兩...
