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【生信實戰(zhàn)】最詳細(xì)的非模式物種的GO/KEGG富集分析全攻略
有時候不得不感慨，時間已經(jīng)來到了2024年的尾聲，但是對于許多非模式的物種來說，各種工具、數(shù)據(jù)集、參考等等依然還在寒冬。今天帶大家手動的構(gòu)建屬于...
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【生信實戰(zhàn)】從馬賽克到4K，極度震撼的Visium HD空間轉(zhuǎn)錄組近日10X終于發(fā)布了他們擁有亞細(xì)胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品，并給出了一些列的測試數(shù)據(jù)。今天帶大家進(jìn)行一些基本的探索與實戰(zhàn) 1 數(shù)據(jù)下載 這里筆者選...
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【生信實戰(zhàn)】空間轉(zhuǎn)錄組反卷積——帶你了解Spot里究竟都有點啥細(xì)胞隨著空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及，越來越多的課題開始使用這一技術(shù)。當(dāng)前，以10X Visium為代表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是目前最常見的技術(shù)。然而，10X V...
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【生信實戰(zhàn)】scRNA單細(xì)胞/ST空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞注釋完全指導(dǎo)手冊隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展和普及，越來越多的課題組開始使用單細(xì)胞技術(shù)進(jìn)行自己的課題研究。然而，在單細(xì)胞的注釋上，商業(yè)公司提供的流程化注釋往往難以滿足實...
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GATK太慢？利用GPU加速讓W(xué)GS/WES分析按分鐘交付目前，隨著測序成本的降低，越來越多的WGS/WES項目開始普及，也更多的課題組擁有自己的服務(wù)器，但是大數(shù)據(jù)帶來的計算緩慢問題也越發(fā)凸顯。這里和大...
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【生信基礎(chǔ)】深入理解FPKM/TPM，只有GTF文件如何將count轉(zhuǎn)為FPKM/TPM相信學(xué)習(xí)生信的小伙伴不難發(fā)現(xiàn)，在定量的時候大多的文章或者公司的結(jié)果都有這幾種定量的方式：FPKM（RPKM），TPM，CPM(RPM)還有cou...
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【生信實戰(zhàn)】只會GO/KEGG，何不試試Reactome數(shù)據(jù)庫進(jìn)行富集分析REACTOME 是一個開源、放開、人工整理并經(jīng)過同行評審的通路數(shù)據(jù)庫。目標(biāo)是為各個通路提供可視化、可解釋的分析，以支持基礎(chǔ)研究、臨床研究、基因...
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【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】如何進(jìn)行一步到位的fastq到差異分析，kallisto拯救你(一)傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組的分析想必大家已經(jīng)非常熟悉，無非是質(zhì)控 -> 比對 -> 組裝 ->定量 -> 差異分析 -> 差異表達(dá)基因功能富集分析這個套路。目前...
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如何在MAC M1芯片上安裝R的Bioconductor包蘋果的m1芯片已經(jīng)出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同學(xué)也是用上了新的macbook，m1芯片的優(yōu)點我們已經(jīng)有目共睹。雖然新版本的R的...