背景：單細胞VDJ的背景、原理等。 1.為什么做單細胞VDJ？ 理論上生物體內(nèi)的基因組DNA是完全相同的，除了腫瘤細胞會發(fā)生頻繁的DNA突變。因此，常規(guī)的單細胞研究不用關心D...
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單細胞VDJ分析背景知識 -
【生信實戰(zhàn)】scRNA單細胞/ST空間轉(zhuǎn)錄組細胞注釋完全指導手冊隨著單細胞技術的發(fā)展和普及，越來越多的課題組開始使用單細胞技術進行自己的課題研究。然而，在單細胞的注釋上，商業(yè)公司提供的流程化注釋往往難以滿足實際的需求，甚至得到牛頭不對馬嘴...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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14高通量測序-edgeR and DESeq2, part2-獨立過濾edgeR and DESeq2, part2-獨立過濾 ? 過濾低read計數(shù)的基因，又名獨立過濾(Independent Filtering)。 ? ...
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空間轉(zhuǎn)錄組的幾個分析要點及經(jīng)典文獻分享作者，Evil Genius~~ 空間轉(zhuǎn)錄組的運用方向：轉(zhuǎn)錄、蛋白 ST最適合回答三種生物問題：首先可以闡明組織的細胞類型組成；第二類問題與細胞相互作用有關；最后可以幫助闡明...
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一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個問題的理解給...
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【生信基礎】深入理解FPKM/TPM，只有GTF文件如何將count轉(zhuǎn)為FPKM/TPM相信學習生信的小伙伴不難發(fā)現(xiàn)，在定量的時候大多的文章或者公司的結(jié)果都有這幾種定量的方式：FPKM（RPKM），TPM，CPM(RPM)還有count等等，這些究竟該如何使用，...
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【生信實戰(zhàn)】只會GO/KEGG，何不試試Reactome數(shù)據(jù)庫進行富集分析REACTOME 是一個開源、放開、人工整理并經(jīng)過同行評審的通路數(shù)據(jù)庫。目標是為各個通路提供可視化、可解釋的分析，以支持基礎研究、臨床研究、基因組分析、建模、系統(tǒng)生物學等。 ...
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data.table簡介
data.table語法介紹 因為這篇文章主要是data.table，所以在詳細對比之前，先來介紹一下dplyr的情況 dplyr的優(yōu)點在于語法優(yōu)雅，符合人的邏輯，簡單易懂；...
