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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析丨一套完整的案例流程
今天分享的學習筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡單流程，適用于初學者入門閱讀，從原始測序數(shù)據(jù)開始，經(jīng)過質(zhì)控、序列比對、定量表達、差異表達、功能富集等一系列分析步驟，最終獲得基因表達信息。...
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植物啟動子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測-可視化分析寫在前面 以前總看到問題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問題；現(xiàn)在則變成了啟動子元件的預(yù)測或者說可視化。這本身比較簡單，也比較玄乎，所以我一直不是太樂意與別人討論。但學院今天斷網(wǎng)，手上的...
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利用orthofinder尋找單拷貝基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹新的系列系列教程[http://m.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]已上傳，大家可以去看新的教程 1.orthofinder介紹 OrthoFin...
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使用clusterProfiler包對非模式生物進行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔開發(fā)的一個強大的能進行多種功能富集的R包，對于有OrgDb或AnnotationHub中收錄的物種進行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋請一定看這里：寫下來只是為了記錄一些自己的實踐，當然如果能對你有所幫助那就更好了，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標準化(normalization)：D...
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富集分析天花板之ClusterProfiler4說在前面 在國內(nèi)做生信的小伙伴或多或少都聽過一個大名鼎鼎的名字---Y叔，想當初小編初入生信大門時還專門百度查了一下，他就是南方醫(yī)科大學生物信息學系主任余光創(chuàng)教授。Y叔在國際...
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基因組質(zhì)量評估 | LAI轉(zhuǎn)載自 LAI: 評估基因組質(zhì)量一個標準 基因組組裝完成之后，就需要對最后的質(zhì)量進行評估。我們希望得到的contig文件中，每個contig都能足夠的長，能夠有一個完整的基...
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Liu2024 GBTS grape
Liu, J.; Wang, H.; Fan, X.; Zhang, Y.; Sun, L.; Liu, C.; Fang, Z.; Zhou, J.; Peng, H.; ...
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根據(jù)長度對向量或列表進行拆分
有時候數(shù)據(jù)量太大，就有必要把數(shù)據(jù)進行分割以縮短運行時間。rep函數(shù)會構(gòu)建一個重復(fù)索引，然后根據(jù)索引從原始向量中提取對應(yīng)的元素并給到子向量。rep函數(shù)同時也考慮到不能整除（le...
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應(yīng)該是最新最詳細的MUMmer中文使用說明如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...
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跟著Nature Communications學數(shù)據(jù)分析：基因組水平的比對鑒定結(jié)構(gòu)變異論文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的。當 DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露。暴露的 ...
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annovar的avinput轉(zhuǎn)為vcf
最近遇到問題，要將annovar的結(jié)果轉(zhuǎn)為vcf，然后用這個vcf對比另一個vcf，找二者共有的變異。其實就是一個bedtools intersect的事，但是annovar...
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3. SNP Calling以GATK流程為例，簡單來說，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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NGS 數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件—fastp陳實富博士編寫的 fastp 軟件能實現(xiàn) FASTQ 數(shù)據(jù)自動化過濾、剪裁、錯誤校正等功能，因其多樣的功能和高效的速度受到了許多用戶的歡迎，已成為 NGS 質(zhì)控領(lǐng)域不可或缺的...
