發(fā)簡信
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生信軟件的使用：fastacmd的提取較大基因組序列
寫在前面： 最近要將參考基因組(4.1G，粗山羊草)的每一條染色體單獨(dú)提取出來，之前我寫過一個(gè)使用faSomeRecords的帖子基因組學(xué)5-利...
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生信軟件的使用:bwa-mem2小測試
寫在前面 最近在利用小麥的重測序數(shù)據(jù)進(jìn)行mapping，小麥?zhǔn)且粋€(gè)很奇特的物種，六倍體，有ABD三個(gè)基因組，基因組大小約為17Gb，因此，制約小...
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基因組學(xué)5-利用faSomeRecords根據(jù)基因ID提取基因序列安裝 從該網(wǎng)址下載其安裝腳本：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 我一...
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生信軟件的安裝1-SRAtoolkit寫在前面 最近服務(wù)器的我最常用的那個(gè)節(jié)點(diǎn)又壞了，那個(gè)環(huán)境我搭建的很好，幾乎所有數(shù)據(jù)和軟件都在那上面。但是，無奈之下只能換到另一個(gè)節(jié)點(diǎn)，一切都要從...
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單個(gè)基因的生物信息學(xué)分析(2)-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測本期的主題仍然屬于《單個(gè)基因的生物信息學(xué)分析》，主要講解介紹一下單個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分析。 網(wǎng)站鏈接如下：InterPro 打開主頁面顯示如圖1，注...
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單個(gè)基因的生物信息學(xué)分析(1)-基因結(jié)構(gòu)與功能分析在生物學(xué)分析中，我們經(jīng)常會(huì)針對(duì)某個(gè)基因進(jìn)行生物學(xué)功能分析，比較常見的包括基因結(jié)構(gòu)預(yù)測，功能注釋，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測（跨膜域，信號(hào)肽），同源基因分析...
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植物基因組學(xué)-fastp進(jìn)行高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控對(duì)于各位小伙伴來說，無論是自己獨(dú)立進(jìn)行高通量測序數(shù)據(jù)分析，還是解讀公司的測序結(jié)果，一個(gè)必須要面對(duì)的情況就是高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制，又稱Qual...
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植物基因組-基因組分析中的“地圖”文件(gff3和gtf文件介紹)常見的生物信息分析中，基因組的注釋文件和參考基因組具有相同重要的功能，如果說參考基因組是一個(gè)蘊(yùn)含著所有資源的寶島，那么基因組的注釋文件就是航海路...
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植物基因組學(xué)-專屬于小麥的測序數(shù)據(jù)庫IWGSC今天將為大家介紹小麥的特有的生物學(xué)網(wǎng)站，該數(shù)據(jù)庫是由國際小麥基因組測序聯(lián)盟(International Wheat Genome Sequenc...