IP屬地：北京
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day56 單細(xì)胞cellranger的問題一、在跑cellranger的過程中出了個問題。要琢磨一下怎么回事。 報錯：sequence and quality length mismat...
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day54單細(xì)胞 cellranger處理Fastq文件10X文庫送測序后，從測序公司拿到的測序數(shù)據(jù)是fastq格式的，要經(jīng)過linux上跑cellranger程序，得到表達(dá)矩陣，才能做后面的功能分析...
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day53 三組轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析學(xué)習(xí)及參考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/uLt-bYCdVcBH6mqoIG_r6w[https://mp.wei...
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day52 轉(zhuǎn)錄組 火山圖
接著day51，繼續(xù)作圖： 說明先設(shè)置pvalue和logFC的閾值根據(jù)閾值分別為上調(diào)基因設(shè)置‘up’，下調(diào)基因設(shè)置‘Down’，無差異設(shè)置‘N...
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day51 轉(zhuǎn)錄組 DESeq2分析總結(jié)對day49，day50兩次學(xué)習(xí)的總結(jié)。拿到reads表達(dá)矩陣后，在自己電腦上用DESeq2這個R包進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。 一、先要準(zhǔn)備表達(dá)矩陣和分組表...
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day50 轉(zhuǎn)錄組 差異基因可視化接著day49 一、看看整體表達(dá)情況 原始矩陣為變量exprSet，是從txt文件讀入得到的數(shù)據(jù)框歸一化后矩陣為變量exprSet_new，用D...
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day49 轉(zhuǎn)錄組 差異基因表達(dá)分析學(xué)習(xí)資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析得到表達(dá)矩陣之后就要考慮如何知道到差異表達(dá)基因（DEG），這個要在R中操作，具體是需要a...
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day48 轉(zhuǎn)錄組 計數(shù)&表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)錄組分析要用比對后的bam或sam文件進(jìn)行后續(xù)計數(shù)。也就是對基因/轉(zhuǎn)錄本的區(qū)域上比對到的reads進(jìn)行計數(shù)。最后算出來某個轉(zhuǎn)錄本或者外顯子上比...
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day47 轉(zhuǎn)錄組 比對學(xué)習(xí)資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析 一、轉(zhuǎn)錄組比對常用軟件 轉(zhuǎn)錄組比對常用：hisat2、subjunct（subread...