一、在跑cellranger的過程中出了個問題。要琢磨一下怎么回事。 報錯：sequence and quality length mismatch。 wc -l FH-H3...
IP屬地：北京
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day56 單細(xì)胞cellranger的問題 -
python腳本截取fastq序列
前言 ??最近在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識，遇到了一個小的需求就是截取需要的fastq序列。先來說一下為什么有這個需求，一般來說單細(xì)胞的測序文件有三個如test_R1.fastq....
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對的對的，感謝指正。我趕緊改了去。??
day53 三組轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
學(xué)習(xí)及參考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/uLt-bYCdVcBH6mqoIG_r6w[https://mp.weixin.qq.com/s/uL...
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day54單細(xì)胞 cellranger處理Fastq文件10X文庫送測序后，從測序公司拿到的測序數(shù)據(jù)是fastq格式的，要經(jīng)過linux上跑cellranger程序，得到表達(dá)矩陣，才能做后面的功能分析。這里就是講一下如何跑cell...
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@ce6414b41175 我也遇到過solving很久很久，一個晚上。猜測是網(wǎng)絡(luò)問題，但主要是conda的源不行。這個問題很奇葩，有時候某個源昨天能用，今天就突然不能用了，只能換換試一下。
day28 ChIP-seq Homer注釋及找motif
參考教程http://m.itdecent.cn/p/467d970ec097[http://m.itdecent.cn/p/467d970ec097] 一、ho...
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day53 三組轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析學(xué)習(xí)及參考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/uLt-bYCdVcBH6mqoIG_r6w[https://mp.weixin.qq.com/s/uL...
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day52 轉(zhuǎn)錄組 火山圖
接著day51，繼續(xù)作圖： 說明先設(shè)置pvalue和logFC的閾值根據(jù)閾值分別為上調(diào)基因設(shè)置‘up’，下調(diào)基因設(shè)置‘Down’，無差異設(shè)置‘None’，保存到change列...
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day51 轉(zhuǎn)錄組 DESeq2分析總結(jié)對day49，day50兩次學(xué)習(xí)的總結(jié)。拿到reads表達(dá)矩陣后，在自己電腦上用DESeq2這個R包進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。 一、先要準(zhǔn)備表達(dá)矩陣和分組表格1，表達(dá)矩陣count之后的...
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day50 轉(zhuǎn)錄組 差異基因可視化接著day49 一、看看整體表達(dá)情況 原始矩陣為變量exprSet，是從txt文件讀入得到的數(shù)據(jù)框歸一化后矩陣為變量exprSet_new，用DESeq2進(jìn)行歸一化后計算而來...
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day49 轉(zhuǎn)錄組 差異基因表達(dá)分析學(xué)習(xí)資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析得到表達(dá)矩陣之后就要考慮如何知道到差異表達(dá)基因（DEG），這個要在R中操作，具體是需要airway、DESeq2、ed...
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day48 轉(zhuǎn)錄組 計數(shù)&表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)錄組分析要用比對后的bam或sam文件進(jìn)行后續(xù)計數(shù)。也就是對基因/轉(zhuǎn)錄本的區(qū)域上比對到的reads進(jìn)行計數(shù)。最后算出來某個轉(zhuǎn)錄本或者外顯子上比對上多少個reads。顯然，如...
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featurecounts的使用說明官網(wǎng)：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻(xiàn)參考：featureCounts: an efficient general purpos...
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day47 轉(zhuǎn)錄組 比對學(xué)習(xí)資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析 一、轉(zhuǎn)錄組比對常用軟件 轉(zhuǎn)錄組比對常用：hisat2、subjunct（subread）、star?；蚪M測序比對常...
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day46 轉(zhuǎn)錄組 質(zhì)控學(xué)習(xí)資料：B站 jimmy大神的視頻一、質(zhì)控命令用到的fastqc是北鯤云上自帶的，multiqc是在conda的py3.7環(huán)境里自己裝的。針對昨天轉(zhuǎn)成fastq.gz的四個...
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day45 轉(zhuǎn)錄組 數(shù)據(jù)下載教程：http://www.bio-info-trainee.com/2218.html[http://www.bio-info-trainee.com/2218.html]...
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day43 失敗：conda卡頓無法install 怎么辦
使用學(xué)校服務(wù)器安裝軟件失敗為什么會卡頓？明明昨天上午還能用conda install安裝，下午在安裝htseq的時候，突然就不能用了。conda install htseq之...
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DNA甲基化知識概述DNA甲基化的前世今生 ??DNA甲基化作為一種可遺傳的表觀遺傳修飾，在生物個體的生長發(fā)育與繁殖過程中，維持遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性是至關(guān)重要的。在真核生物基因組中，編碼基因僅僅占一...
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day42 失?。恨D(zhuǎn)錄組-軟件安裝學(xué)校服務(wù)器上雖然安裝成了一些，但是有些沒安裝成功，有些還有GLIBC2.14報錯，總之就是失?。ê髞?day44在北鯤云上全都安裝成功，略有安慰） -----------下面...
