一個(gè)基因組學(xué)研究生
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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PRO-seq文獻(xiàn)閱讀Base-pair-resolution genome-wide mapping of active RNA polymerases using precision nucl...
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ChIP-seq和CUT&Tag技術(shù)ChIP-seq：利用染色質(zhì)免疫共沉淀 + 高通量測(cè)序研究某種蛋白質(zhì)結(jié)合的基因組區(qū)域 1. 甲醛交聯(lián)：將所有蛋白和其結(jié)合的DNA固定下來 2. 染色質(zhì)片段化：裂解細(xì)胞、DNA...
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RDA 結(jié)果解讀介紹 微生物多樣性分析中，α多樣性主要關(guān)注局域均勻生境下的物種數(shù)目 ，通俗來講就是樣本內(nèi)的物種多樣性。β多樣性是指在地區(qū)尺度上，物種組成沿著某個(gè)梯度方向從一個(gè)群落到另一個(gè)群落...
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隨機(jī)森林原理介紹與適用情況（綜述篇）一句話介紹 隨機(jī)森林是一種集成算法（Ensemble Learning），它屬于Bagging類型，通過組合多個(gè)弱分類器，最終結(jié)果通過投票或取均值，使得整體模型的結(jié)果具有較高...
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在Linux服務(wù)器下載諾禾致源釋放的數(shù)據(jù)
https://www.cnblogs.com/biohy/p/14046336.html[https://www.cnblogs.com/biohy/p/14046336....
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2022-04-20【文獻(xiàn)分享】李家洋院士：野生異源四倍體水稻的從頭馴化最近看到李家洋院士團(tuán)隊(duì)2021年在《cell》發(fā)表的這篇文章A route to de novo domesticationof wild allotetraploid ri...
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MSTmap：遺傳圖譜分析軟件一、MSTmap軟件介紹 MSTmap有網(wǎng)頁(yè)版、Linux版兩個(gè)版本： 在線網(wǎng)頁(yè)版本：http://www.mstmap.org/ Linux版本：http://www.ms...
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構(gòu)建遺傳圖譜---作圖群體如何選擇？
基因定位最有效且最常用的方法就是先構(gòu)建遺傳連鎖圖譜再進(jìn)行基因定位，該方法對(duì)于數(shù)量性狀和質(zhì)量性狀的基因定位都適用。 構(gòu)建連鎖圖譜的前提是建立作圖群體，建立作圖群體需要考慮幾個(gè)因...
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調(diào)節(jié)性R-loops：促進(jìn)基因表達(dá)和基因組穩(wěn)定性（一）R-loops是一種含RNA-DNA雜合體的三鏈結(jié)構(gòu)，經(jīng)常在轉(zhuǎn)錄中形成。R-loop的錯(cuò)誤調(diào)控與DNA損傷、轉(zhuǎn)錄延伸缺陷、過度重組和基因組不穩(wěn)定性有關(guān)。與這種非計(jì)劃的...
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用gffread從基因組中提取基因、轉(zhuǎn)錄本、蛋白、啟動(dòng)子、非編碼序列
https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e[https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e]1...
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ANNOVAR | 變異注釋【上】
一、簡(jiǎn)介 會(huì)得到一系列變異數(shù)據(jù)，這些變異數(shù)據(jù)只是告訴我們?cè)诨蚪M的某個(gè)位置發(fā)生了一段序列的改變，至于這個(gè)改變會(huì)不會(huì)影響生物學(xué)功能，我們并不清楚。而注釋就是將基因組的序列變異數(shù)...
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對(duì)群體遺傳學(xué)的基礎(chǔ)概念及相關(guān)分析，如系統(tǒng)發(fā)育研究，PCA（主成分分析）、群體結(jié)構(gòu)分析、親緣關(guān)系、基因流等進(jìn)行介紹，旨在搭建一個(gè)群體遺傳學(xué)研究的學(xué)習(xí)平臺(tái)。
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“對(duì)于同一個(gè)物種，不管它的樣本是哪種組織（正常的或病變的），也不管有多少個(gè)不同的樣本，只要它們都擁有相同數(shù)量的基因，那么它們的r_mean都將是一致的”這一句可能有問題。只能說一個(gè)樣本中所有基因表達(dá)豐富的均值與測(cè)序狀態(tài)無關(guān)，由樣本中轉(zhuǎn)錄的基因總數(shù)決定，而非基因總數(shù)。因此，樣本來自哪種組織，取樣時(shí)間等都會(huì)影響此樣本中轉(zhuǎn)錄基因的總數(shù)。
RNA-seq中的那些統(tǒng)計(jì)學(xué)問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標(biāo)準(zhǔn)化方法
目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計(jì)學(xué)問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標(biāo)準(zhǔn)化方法目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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『R腳本練習(xí)』dplyr各種join
在剛接觸用代碼行處理數(shù)據(jù)的時(shí)候，受到課題組的影響，是從shell入門的，具體說逃不過sed grep awk,在這之前我只會(huì)用excel下的函數(shù)，excel下有個(gè)很好的垂直查...
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