如何靈活，快速地可視化置信區(qū)間、標(biāo)準(zhǔn)誤差以及變量的均值和中位數(shù) 本節(jié)將詳細(xì)介紹stat_summary函數(shù)的應(yīng)用,喜歡的小伙伴可以關(guān)注我的公眾號R語言數(shù)據(jù)分析指南[https...
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通過ggplot2中stat_summary函數(shù)快速進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì) -
植物免疫|MAMPs, DAMPs, NAMPs & PAMPs植物畢其一生要與環(huán)境病原物進(jìn)行抗?fàn)?，其利用大量的?xì)胞表面和細(xì)胞內(nèi)的免疫受體來感知與病原體感染相關(guān)的各種免疫原性信號，并激活防御。植物能夠識別周遭的“非自身”分子，并且做出生理...
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R包VennDiagram的韋恩圖繪制及交集元素的提取韋恩（Venn）圖是常見統(tǒng)計(jì)圖之一，用于展示各樣本（或分組）之間共有（或特有）元素的數(shù)量（或比例）。 例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鑒定差異表達(dá)的基因。當(dāng)試驗(yàn)涉及到...
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輸入兩個(gè)親本基因組，輸出變異位點(diǎn)，快速開發(fā)分子標(biāo)記引物寫在前面 「育種」是目前大多關(guān)心的事情。雜交育種仍然是目前最為常用的育種手段。任何方法創(chuàng)新的優(yōu)異材料，下一步都可能應(yīng)用于雜交育種。反過來，「基因定位」則是基于雜交群體，開發(fā)分...
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RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)Kallisto下游推薦的分析軟件是Sleuth，所以我們本次介紹如何使用Sleuth進(jìn)行相關(guān)的分析。 RNA-seq在完成轉(zhuǎn)錄本的鑒定及定量后，我們經(jīng)常做的分析之一就是差異...
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應(yīng)該是data做了一步log（1+TPM）處理吧，沒加上去
有了TPM，怎么做基因表達(dá)分析、相關(guān)性分析和主成分分析
TPM是RNAseq測序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多測序公司也開始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了，基因表達(dá)分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
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同樣的，后面ggpubr也是這個(gè)問題...變成了直接用tpm作圖，出圖效果很差，還是要加上log2（1+TPM）才行...
有了TPM，怎么做基因表達(dá)分析、相關(guān)性分析和主成分分析
TPM是RNAseq測序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多測序公司也開始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了，基因表達(dá)分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
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有了TPM，怎么做基因表達(dá)分析、相關(guān)性分析和主成分分析TPM是RNAseq測序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多測序公司也開始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了，基因表達(dá)分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
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石河子大學(xué)第一附屬醫(yī)院泌尿外科副主任醫(yī)師
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ggplot(data,aes(x=sample,y=expression,fill=group))+geom_boxplot() + theme_bw()+ xlab(NULL) + ylab("log2(TPM+1)")這一步有誤，應(yīng)該為：
ggplot(data, aes(x = sample, y = log2(1+expression), fill = group)) +geom_boxplot() + theme_bw() + xlab(NULL) + ylab("log2(TPM+1)")有了TPM，怎么做基因表達(dá)分析、相關(guān)性分析和主成分分析
TPM是RNAseq測序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多測序公司也開始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了，基因表達(dá)分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
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跟著JoVE學(xué)作圖：R語言ggplot2做簇狀柱形圖并添加顯著性標(biāo)記的完整示例昨天的推文發(fā)出后，好多人留言問如何添加顯著性標(biāo)記，今天的推文介紹下如何在簇狀柱形圖的基礎(chǔ)上添加顯著性標(biāo)記 添加顯著性標(biāo)記用到的是ggsignif包中的geom_signif(...
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可變剪接鑒定軟件rMATS的結(jié)果文件內(nèi)容說明是的，本篇不講解軟件的安裝使用，因?yàn)榫W(wǎng)上的教程已經(jīng)非常多了。 但是有關(guān)rMATS的輸出結(jié)果，網(wǎng)上的教程都很少提到，結(jié)果應(yīng)該怎么看？各文件各列代表了什么信息？很多老師或同學(xué)們拿...
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使用edgeR進(jìn)行無重復(fù)差異表達(dá)分析寫這篇文章一部分原因是填2年前的一個(gè)坑 轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達(dá)分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波無重復(fù)的差異表達(dá)分析, 所以專門去學(xué)了edgeR 我個(gè)人是不太推薦...
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R數(shù)據(jù)可視化21:Edge Bundling圖N久沒有更新了，最近一段時(shí)間有點(diǎn)繁忙。今天，一起來學(xué)習(xí)一下一個(gè)和Circo圖差不多的圖：Edge Bunding圖（不知道中文咋翻譯）。其實(shí)在我看來都只是不同形式的網(wǎng)絡(luò)圖。 ...
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本科畢業(yè)于浙江大學(xué)，碩士畢業(yè)于復(fù)旦大學(xué)，浙大讀博ing。<br>如果沒有及時(shí)回復(fù)可以發(fā)送郵件：jlyq617@gmail.com
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R數(shù)據(jù)可視化24: 環(huán)狀熱圖懶人617回歸，其實(shí)并沒有偷懶。最近一直忙碌于手中的課題，沒有時(shí)間來寫文（當(dāng)然這都不是借口）。作為一個(gè)有包袱的生信博主，我要守護(hù)住我的優(yōu)秀創(chuàng)作者徽章。廢話不多說，今天我們共同...
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GTF文件讀取
GTF簡介 GTF文件的全稱是gene transfer format，主要是對染色體上的基因進(jìn)行標(biāo)注。怎么理解呢，其實(shí)所謂的基因名，基因座等，都只是后來人們給一段DNA序列...
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DESeq2差異分析十全大補(bǔ)使用筆記寫在前面：新手老菜鳥，個(gè)人心得，不足之處歡迎交流指正；寫作不易，轉(zhuǎn)載前請聯(lián)系我征得同意，謝謝。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
