謀劃半年多，又決定開始學(xué)生信，甚至還考了個生信專業(yè)的研究生，主要還是覺得生信分析能力終究是個非常有用的工具。兜兜轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)又回來了，立個flag先，這次一定堅持下去！ 看著四年前寫...
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學(xué)生信的那些事兒之十七 - 繞了一圈又回來了
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查爾斯·達爾文的小時候
1809年2月12日，查爾斯·達爾文出生在英國，大西洋的對岸千里之外的美國總統(tǒng)林肯也在同一天出生，同樣在2月，英國的軍艦炮轟了中國澳門，泱泱中華逐漸滑落深淵。 對于成功人士，...
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學(xué)生信的那些事兒之十六 - 生信技能樹VCF格式文件的shell小練習(xí)
開始做題前需要生成vcf文件先： 想要順利的把題目做完，基礎(chǔ)的Linux命令當(dāng)然需要熟練運用，更關(guān)鍵的是對 vcf 文件格式和內(nèi)容的了解。 把突變記錄的vcf文件區(qū)分成 IN...
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學(xué)生信的那些事兒之十五 - 生信技能樹sam和bam格式文件的shell小練習(xí)20題
用上一節(jié)下載的bowtie2軟件中自帶的測試數(shù)據(jù)生成sam和bam文件先： 一、統(tǒng)計共多少條reads(pair-end reads這里算一條)參與了比對參考基因組 二、統(tǒng)計...
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第20題答案：
cat reads_1.fq|paste - - - -|cut -f 4|cut -c1|perl -alne '{print ord($_)-33}'| paste -s -d+|bc學(xué)生信的那些事兒之十四 - 生信技能樹fasta和fastq格式文件的shell小練習(xí)20題
第18題和第20題不會做，求高手指教啊~~ 該練習(xí)使用的數(shù)據(jù)為bowtie2中的示例數(shù)據(jù)，獲取方法如下： 統(tǒng)計reads_1.fq 文件中共有多少條序列信息 輸出所有的rea...
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第18題答案：
awk '{if(NR%2==0){print substr($0,6,length($0)-10)}else{print}}' reads_1.fq | head學(xué)生信的那些事兒之十四 - 生信技能樹fasta和fastq格式文件的shell小練習(xí)20題
第18題和第20題不會做，求高手指教啊~~ 該練習(xí)使用的數(shù)據(jù)為bowtie2中的示例數(shù)據(jù)，獲取方法如下： 統(tǒng)計reads_1.fq 文件中共有多少條序列信息 輸出所有的rea...
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學(xué)生信的那些事兒之十四 - 生信技能樹fasta和fastq格式文件的shell小練習(xí)20題
第18題和第20題不會做，求高手指教啊~~ 該練習(xí)使用的數(shù)據(jù)為bowtie2中的示例數(shù)據(jù)，獲取方法如下： 統(tǒng)計reads_1.fq 文件中共有多少條序列信息 輸出所有的rea...
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學(xué)生信的那些事兒之十三 - 生信技能樹Linux練習(xí)20題
1. 在任意文件夾下面創(chuàng)建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夾系列。 2. 在創(chuàng)建好的文件夾下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/...
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學(xué)生信的那些事兒之十二 - RNAseq 分析流程之用aspera工具下載SRA數(shù)據(jù)
在Linux系統(tǒng)下安裝了conda，配置了鏡像，創(chuàng)建了分析環(huán)境，并且在環(huán)境下下載了常用的分析軟件，那么接下來做什么呢？鍋碗瓢盆、油鹽醬醋都已準備妥當(dāng)，準備開火煮飯卻發(fā)現(xiàn)沒有米...
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學(xué)生信的那些事兒之十一 - RNAseq 分析流程之Conda安裝和軟件下載
理論上講，前面非?；A(chǔ)的Linux知識學(xué)到位之后是可以“開始”嘗試實戰(zhàn)一下RNAseq分析的上游部分的。 不過呢，如果把組學(xué)的分析想象成是做一幅畫的話，Linux基礎(chǔ)知識僅僅...
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學(xué)生信的那些事兒之十 - 如何用shell腳本創(chuàng)建套娃式目錄
大佬說，你這自學(xué)進度太慢了，先把Linux20題搞定了再詳談。于是趕緊翻出題目來寫代碼，前面四題半都超easy（畢竟基礎(chǔ)到底了），做到第五題的時候終于卡殼了，題干如下： 在任...
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折騰了至少5遍，終于搞定，2G用了3分鐘，開心~
SRA 數(shù)據(jù)下載自救指南
還在羨慕海峽那邊的朋友下載SRA 快到飛起？還在難過用wget 下載數(shù)據(jù)經(jīng)常下載不完整？用了官方的下載工具還是慢的不行？這里有一個SRA 下載自救嘗試指南供你參考。 需要用到...
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學(xué)生信的那些事兒之九 - Linux基礎(chǔ)之正則表達式
什么是正則表達式？ 講真"正則"這個詞真的挺抽象，漢語里應(yīng)該沒有這個組合，不知道為什么這樣翻譯，倒是對應(yīng)的英文更好理解一些。正則表達式( Regular Expression...
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學(xué)生信的那些事兒之八 - Linux基礎(chǔ)之編輯器：sed & gawk
Shell腳本最常見的用途就是文本處理，但是想要處理更多類型的數(shù)據(jù)，sed和gwak工具是不得不學(xué)的。沒有真正的處理實際的組學(xué)數(shù)據(jù)實操示例就說這兩個工具多么多么重要，總感覺有...
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學(xué)生信的那些事兒之七 - Linux基礎(chǔ)之Shell腳本編程
沿著前面的軌跡，接下來是Linux中shell腳本的學(xué)習(xí)。這對于生信工程師后續(xù)處理大量 (海量更合適些) 數(shù)據(jù)是非常非常重要的，但是同樣的，作為一個有點古板的人，對于"腳本"...
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@胖嘟手繪小札 哈哈 不是的，我老板很nice的喔~
學(xué)生信的那點事之一 - 為什么學(xué)生信
我是誰 幾年前曾在中科院上海生命科學(xué)研究院生化細胞所讀研，兩年半后申請了退學(xué)，要說為什么，我只能羞愧地說：因為無知。 幾經(jīng)輾轉(zhuǎn)，最后到諾禾海外部做了一名銷售，光陰似箭，快兩年...
