GWAS全基因組關聯(lián)分析全流程

拖拖拉拉用了一年時間才把GWAS整個流程捋完，從背景到code、還有過程中遇到的一些bug以及解決辦法，加起來也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清單，也許以后有新的方法或者新的bug也會繼續(xù)更新，希望給大家一些參考。

1.GWAS：原理與目的 - 簡書 (jianshu.com)
2.GWAS：流程與試驗設計 - 簡書 (jianshu.com)
3.1 GWAS：表型鑒定與記錄的基本原則和原始數據處理 - 簡書 (jianshu.com)
3.2 GWAS：最佳線性無偏估計量——BLUE值計算（多年單點有重復） - 簡書 (jianshu.com)
3.4 GWAS：遺傳力計算 - 簡書 (jianshu.com)
4. 標記的開發(fā)和分型 - 簡書 (jianshu.com)
4.2 基因型數據描述性統(tǒng)計 - 簡書 (jianshu.com)
5. GWAS：群體結構——Admixture - 簡書 (jianshu.com)
6. GWAS：主成分分析——GCTA - 簡書 (jianshu.com)
7.1 GWAS：系統(tǒng)進化樹——MEGA - 簡書 (jianshu.com)
7.2 GWAS：系統(tǒng)進化樹美化——ITOL - 簡書 (jianshu.com)
8. GWAS：親緣關系——TASSEL&GCTA - 簡書 (jianshu.com)
9.1 GWAS：關聯(lián)分析 - 簡書 (jianshu.com)
9.2 GWAS：關聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM) - 簡書 (jianshu.com)
9.3 GWAS：關聯(lián)分析——EMMAX - 簡書 (jianshu.com)
9.4 GWAS：顯著性閾值確定——GEC - 簡書 (jianshu.com)
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制 - 簡書 (jianshu.com)
10.GWAS：LD decay(LD衰減）—— PopLDdecay - 簡書 (jianshu.com)
11.GWAS：確定候選區(qū)間 - 簡書 (jianshu.com)
12.GWAS：候選基因挖掘 - 簡書 (jianshu.com)
CMplot報錯missing value where TRUE/FALSE needed - 簡書 (jianshu.com)

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