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2022-01-20 文獻(xiàn)-Nature阿爾茲海默癥神經(jīng)組織比較復(fù)雜，通常用單細(xì)胞核測序單細(xì)胞核測序的特征：1、每個(gè)樣本細(xì)胞量基本<40002、每個(gè)細(xì)胞里的基因基本<1000甚至<500 單細(xì)胞結(jié)...
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2022-01-21 百分位數(shù)進(jìn)行細(xì)胞過濾樣本量比較大的時(shí)候推薦使用百分位數(shù)進(jìn)行細(xì)胞過濾 可視化 可視化后，可以看這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)過大概過濾掉了多少細(xì)胞 創(chuàng)建過濾后的子集
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2022-01-21 細(xì)胞注釋思路注釋用的參考數(shù)據(jù)庫 細(xì)胞類型鑒定 思路 代碼在cell_marker_annotation.R 1、查看所有marker基因 0亞群很多是T細(xì)胞...
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2022-01-21 課題設(shè)計(jì)和思路分享課題設(shè)計(jì) 思路1：單細(xì)胞數(shù)據(jù)作為起點(diǎn)，找出特征，去bulk數(shù)據(jù)庫驗(yàn)證 思路2：bulk為起點(diǎn)，單細(xì)胞為終點(diǎn) 思路1和2對比 挖掘思路1 第一種思...
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2022-01-20 文獻(xiàn)-Cell-三陰性乳腺癌化療耐藥進(jìn)化16年開始做，17年投稿，18年發(fā)表，在當(dāng)時(shí)單細(xì)胞技術(shù)比較新 可視化研究思路很重要！ 一、WES結(jié)果 第一個(gè)角度：突變有無 化療獲益的患者外顯子...
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2022-01-20 擬時(shí)序分析-monocle2包安裝 創(chuàng)建文件夾存儲(chǔ)結(jié)果 用CCA后的數(shù)據(jù)進(jìn)行擬時(shí)序分析 結(jié)果展示
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2022-01-17 CCA校正批次效應(yīng)
批次效應(yīng)強(qiáng)時(shí)，用CCA進(jìn)行校正 先用PCA圖查看不整合前的批次效應(yīng)原理在每個(gè)批次中找到相同的一組表達(dá)差異低的基因，用這組基因在每個(gè)亞群中的差異代...
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2022-01-17 cellmarker注釋
細(xì)胞類型自動(dòng)化注釋 以下代碼在sub_analysis_scRNA.R中計(jì)算特定兩組細(xì)胞之間的差異基因，決定要不要把兩個(gè)亞群合并 修改具體類別名字
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2022-01-17 多個(gè)樣本單細(xì)胞分析流程讀數(shù)據(jù) 合并數(shù)據(jù)，創(chuàng)建seurat對象 合并樣本的數(shù)據(jù)可以使用cbind（） 基因數(shù)相同時(shí)或者用merge（） ...