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2022-01-20 文獻(xiàn)-Nature阿爾茲海默癥神經(jīng)組織比較復(fù)雜，通常用單細(xì)胞核測序單細(xì)胞核測序的特征：1、每個樣本細(xì)胞量基本<40002、每個細(xì)胞里的基因基本<1000甚至<500 單細(xì)胞結(jié)果描述 marker基因的展示...
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2022-01-21 百分位數(shù)進(jìn)行細(xì)胞過濾樣本量比較大的時候推薦使用百分位數(shù)進(jìn)行細(xì)胞過濾 可視化 可視化后，可以看這個標(biāo)準(zhǔn)過大概過濾掉了多少細(xì)胞 創(chuàng)建過濾后的子集
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2022-01-21 細(xì)胞注釋思路注釋用的參考數(shù)據(jù)庫 細(xì)胞類型鑒定 思路 代碼在cell_marker_annotation.R 1、查看所有marker基因 0亞群很多是T細(xì)胞的marker，可以初步注釋為...
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2022-01-21 課題設(shè)計和思路分享課題設(shè)計 思路1：單細(xì)胞數(shù)據(jù)作為起點，找出特征，去bulk數(shù)據(jù)庫驗證 思路2：bulk為起點，單細(xì)胞為終點 思路1和2對比 挖掘思路1 第一種思路可以用 ，然后用 提取上皮細(xì)...
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2022-01-20 文獻(xiàn)-Cell-三陰性乳腺癌化療耐藥進(jìn)化16年開始做，17年投稿，18年發(fā)表，在當(dāng)時單細(xì)胞技術(shù)比較新 可視化研究思路很重要！ 一、WES結(jié)果 第一個角度：突變有無 化療獲益的患者外顯子突變從右到無化療耐藥的患者外顯...
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2022-01-17 CCA校正批次效應(yīng)
批次效應(yīng)強(qiáng)時，用CCA進(jìn)行校正 先用PCA圖查看不整合前的批次效應(yīng)原理在每個批次中找到相同的一組表達(dá)差異低的基因，用這組基因在每個亞群中的差異代表整體基因的差異，按照這個差異...
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2022-01-17 cellmarker注釋
細(xì)胞類型自動化注釋 以下代碼在sub_analysis_scRNA.R中計算特定兩組細(xì)胞之間的差異基因，決定要不要把兩個亞群合并 修改具體類別名字
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2022-01-17 多個樣本單細(xì)胞分析流程讀數(shù)據(jù) 合并數(shù)據(jù)，創(chuàng)建seurat對象 合并樣本的數(shù)據(jù)可以使用cbind（） 基因數(shù)相同時或者用merge（） ...
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2022-01-17 單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫1GEO 直接發(fā)郵件要數(shù)據(jù) 2EBI 點download 可以參考相同研究的marker基因用來注釋； 一般下載raw數(shù)據(jù)，不要標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù) 3胖老大寶數(shù)據(jù)庫 protoca...
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2022-01-12 Seurat官網(wǎng)單個樣本標(biāo)準(zhǔn)流程一、設(shè)置Seurat對象 使用的示例數(shù)據(jù)集來自10X Genome 測序的 PBMC。下載鏈接：https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x....
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2021-12-15任務(wù)二
教訓(xùn)：1、由于大小寫不分，導(dǎo)致劈分字符串得到空集，浪費了很多時間?。?！2、循環(huán)中忘記重置列表，導(dǎo)致列表重復(fù)?。。?，浪費了很多時間?。?！知識點：re.finditer的用法f=...
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2021-12-13 任務(wù)一
周六晚上復(fù)習(xí)了一遍python的語法，深入學(xué)習(xí)了一下正則表達(dá)式。周日上午寫了3h，晚上3h，周一晚上3.5h，最后終于做得七七八八了一開始看題不太仔細(xì)，導(dǎo)致浪費了一些時間，下...
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2021-12-10 xty rosalind 1-10Problem1：給定一個DNA字符串s，計算符號“A”、“C”、“G”和“T”在s中的出現(xiàn)次數(shù)。 Problem2：將DNA轉(zhuǎn)為RNA。(即用"U"替換"T") Probl...
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